# #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::减价(css。文件= c (custom.css)) # #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressPackageStartupMessages({库(Modstrings)库(GenomicRanges)}) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(Modstrings) #库(GenomicRanges) # #——object_creation2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - r < - RNAString (ACGUG) mr2 < - modifyNucleotides (r, 5 l, m7G) mr2 mr3 < modifyNucleotides (r, 5 l,“7 g”,数控。类型=“数控”)mr3 # #——object_creation3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - mr4 < - ModRNAString (paste0 (“ACGU字母表(ModRNAString ()) [33 l])) mr4 # #——object_creation4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gr < -农庄(1:5,mod =“m7G”) mr5 < - combineIntoModstrings (r, gr) mr5 # #——object_creation5 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rs < - RNAStringSet(列表(r, r, r, r, r))的名字(rs) < - paste0(“序列”,seq_along (rs)) gr2 < -农庄(seqnames =名字(rs) [c (1 l, l 2 l 3 l, 3 l, 4 l, 5 l, 5 l)],范围= IRanges(开始= c (4 l, 5 l 5 l 4 l, 5 l, 5 l, 4 l, 5 l),宽度= 1 l), mod = c (“D”、“m7G”、“m7G”、“D”、“m7G”,“m7G”、“D”、“m7G”)) gr2 < - combineIntoModstrings夫人(rs, gr2) # #——object_separation夫人- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gr3卢比< - < -分离(夫人)RNAStringSet卢比# #——(夫人)gr3 object_comparison_teaser - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - r < - RNAString (ACGUG) mr2 < - modifyNucleotides (r, 5 l, m7G) r = = RNAString (mr2) # #——object_comparison - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - r = = ModRNAString rs先生(r) r = = = = ModRNAStringSet (rs) rs = = c ([1 l: 3 l],夫人rs [4 l: 5 l]) # #——object_conversion - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RNAString (mr) # #——object_qual - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - qmrs < - QualityScaledModRNAStringSet(夫人、PhredQuality (c (“! ! ! ! h”,“h”! ! ! !,”! ! ! !h”、“! ! ! ! h“h”、“! ! ! !))) qmrs # #——object_qual_sep_combine - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - qgr < -独立(qmrs) qgr combineIntoModstrings (qgr,夫人。质量= TRUE) # #——object_io - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - writeModStringSet(夫人、文件=“test.fasta”) #注意不同的函数名。否则空品质将书面writeQualityScaledModStringSet (qmrs、文件=“test.fastq”) mrs2 < - readModRNAStringSet(“测试。fasta”,格式= " fasta”) mrs2 qmrs2 <——readQualityScaledModRNAStringSet (test.fastq) qmrs2 # #——object_io_unlink,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -分离(test.fasta)解除(test.fastq) # #——object_pattern - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - matchPattern(先生,”得以“)vmatchPattern (“D7”,夫人)推广< - unlist(夫人)matchLRPatterns (“7 acgu”、“U7ACG”、100 l,推广)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #读取行测试< - readline(执行(“extdata”、“测试。fasta”,包= " Modstrings”),编码= " utf - 8 ")头(测试、2 l) #保持每一二线序列,另一个作为指名道姓< -测试[seq.int (= 1 l, = 104 l, l = 2)) > < -测试[seq.int (l = 2, = 104 l, l = 2)) # sanitize输入。这需要适应个人的案子< - gsub (“”,“_”, gsub (“>”、“gsub(“\ \ |”、“-”名称)))> < - gsub (“-”、“gsub (“_”、“seq))名称(seq) < -名称# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sanitize特殊字符Modstrings等效seq < - sanitizeFromModomics (seq) seq < - ModRNAStringSet (seq) seq # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #包含修改转换成表格格式单独(seq) # #——sessioninfo - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessioninfo ()