# #——import_libraries - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(“Nebulosa”)库(修)库(BiocFileCache) # #——download_and_untar_file - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -均< - BiocFileCache(问= FALSE) data_file < - bfcrpath(黄东海、文件。路径(" https://s3 -我们-西方- 2. - amazonaws.com/10x.files/samples/cell”、“pbmc3k”,“pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar。广州”))解压(data_file exdir = tempdir ()) # #——read_data - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < - Read10X(数据的数据。dir = file.path (tempdir (),“filtered_gene_bc_matrices”、“hg19”)) # #——create_seurat_object - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pbmc < - CreateSeuratObject(数据,项目数量= =“pbmc3k min.cells = 3, min.features = 200) # # qc - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pbmc[[”百分比。太“]]< - PercentageFeatureSet (pbmc、模式= ^ mt -) pbmc < -子集(pbmc,子集= nFeature_RNA < 2500 & %。太< 5)# #——规范,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pbmc <——SCTransform (pbmc, verbose = FALSE) # #——dim_red,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pbmc < - RunPCA (pbmc) pbmc <——RunUMAP (pbmc,弄暗= 1:30)# #——聚类,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pbmc < - FindNeighbors (pbmc,弄暗= 1:30)pbmc < - FindClusters (pbmc) # #——plot_cd4 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_density (pbmc, CD4) # #——cd4_comparison - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - FeaturePlot (pbmc, CD4) FeaturePlot (pbmc, CD4,订单= TRUE) # #——cd4_and_clustering - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - DimPlot (pbmc,标签= TRUE,击退= TRUE) # #——plot_cd3d - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_density (pbmc, CD3D) # #——无花果。身高= 10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p3 < - plot_density (pbmc, c (“CD8A”、“其”))p3 + plot_layout (ncol = 1) # #——无花果。身高= 14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p4 < - plot_density (pbmc, c (“CD8A”、“其”),联合= TRUE) p4 + plot_layout (ncol = 1) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p_list < - plot_density (pbmc, c (“CD8A”、“其”),联合= TRUE,组合= FALSE) p_list[[长度(p_list)]] # #——无花果。身高= 14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p4 < - plot_density (pbmc, c (“CD4”、“其”),联合= TRUE) p4 + plot_layout (ncol = 1) # #——无花果。身高= 10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p4 [[3]] / DimPlot (pbmc,标签= TRUE,击退= TRUE)