与OmadB探索分层直系同源群

猪

分层直系同源群（也称为猪）是针对特定的分类学范围定义的基因集[1]。他们将来自该分类学范围内单个共同祖先基因的基因分组。

猪拥有许多有用的信息，并在各种情况下具有许多应用，包括基因功能的推断，基因进化动力学的研究和比较基因组学。每只猪都有一个分类范围 - 在其中，给定的猪可以分支成被称为子手动的构造，在基因重复的情况下出现。

猪可以通过其猪身份证或其中一位成员检索。假设我们对以Human22168的名义进行的基因感兴趣，该基因可以简单地使用Gethog（“ Hog：0273533.1b”）访问。示例响应对象的探索如下。

图书馆（OMADB）加载（（'../ data/hog.rda'）打印（猪）

## $ hog_id ## [1]“猪：0273533.1b” ## ## ## $ level ## [1]“ sarcopterygii” ## ## ## ## $ calle_url ## [1]/hog/hog:0273533.1b/?level=sarcopterygii“ ## ## ## $成员＃## $ necter_levels ## x..i .. ## 1氯夫斯sabaeus ## 2 carnivora ## 3大猩猩大猩猩大猩猩## 4 sauria ## 5 tetrapoda ## 6 Microcebus ## 7 hominoidea ## 7 hominoidea ## 8 hominoidea ## 8 hoplorrrhini＃＃naplorrhini＃＃9 Chiroptera ## 10 Mustela putorius furo ## 11 pelodiscus sinensis ## 12 catarrhini ## 13 Pongo Abelii ## 14 LaurasiaTheria ## 15 Oryctolagus cuniculus ## 16 Eutheria ## 17 Eutheria ## 17 Strepsirrhini ## 18 Pan Troglodtes ## ## 199 glag＃199 guag＃＃20哺乳动物## 21 Theria ## 22 Xenopus tropicalis ## 23 Sorex araneus ## 24 Dasypus Novemcinctus ## 25 Macaca Mulatta ## 26 Hominidae ## 26 Metatheria ## 27 Metatheria ## 28 HOMININAE ## 28 HOMININAE ## 29 CAVIA PORCELLUS ## 30 Boreoeoeutheria ## ## 30 Boreoeoeutheria ## 331昆虫## 32 equus caballus ## 33 Otolemur Garnettii ## 34 Canis狼疮熟悉## 35 GLIRes ## 36 Ictidomys Tridecemlineatus ## 37 Simiiformes ## 38 Tarsius Syrichta ## 39 Archelosauria ## 40 Cercopithecinae ## 41 Euarchontoglires ## 42 Callithrix Jacchusix Jacchus jacchus jacchus jacchus ## 43 Peropus vampio vampio ## 44 Paper anubia ## 46 46 primia ## 45 45 45 45 45 45## 47 nomascus leucogenys ## 48 HOMO SAPIENS ## 49 AMNIOTA ## 50 SAICOPHILUS HARRISII ## 51 AILUROPODA Melanoleuca ## 52 Xenarthra ## 53 Myotis lucifugus ## 54 rodentia ## 55 monodelphis ## 55 monodelphis ## $ routh ## $ rooth_###[1] 273533 ## ## $ parent_hogs ## hog_id calter_url ## 1 hog：0273533 https://omabrowser.org/api/hog/hog/hog/hog/hog/hog：02735333/ ##成员API/HOG/HOG：0273533/成员/## ## $ CHILCS_HOGS ## HOG_ID LECTEL_URL ## 1 HOG：0273533.1B.1B https://omabrowser.org.org/api/api/hog/hog/hog/hog/hog/hog/hog：0273333.1b.1b.1b.1b.1b ＃##2 HOG：0273533.1B.1A https://omabrowser.org/api/hog/hog/hog:0273533.1b.1a/ ##成员/成员/## 2 https://omabrowser.org/api/hog/hog:0273533.1b.1a/members/

getObjectAttributes（猪）

## [1]“ hog_id：字符” ## [1]“级别：字符” ## [1]“ calle_url：url” ## [1]“ emens_url：url：url” ## [1]“ selternative_levels：data。帧“ ## [1]“ Roothog_id：integer” ## [1]“ parent_hogs：data.frame” ## [1]“ childror_hogs：data.frame”

hog_id =getAttribute（猪，'hog_id'）parent_hogs =getAttribute（猪，'parent_hogs'）暗淡（parent_hogs）

## [1] 1 3

parent_hog_id =parent_hogs [[HOG_ID]]children_hogs =getAttribute（猪，'children_hogs'）children_hogs

## hog_id calter_url ## 1 hog：0273533.1b.1b https://omabrowser.org/api/hog/hog/hog/hog:0273533.1b.1b.1b/ ## 2 hog：0273533.1b.1b.1a htttps：a httpps：h tttps：///hog/hog:0273533.1b.1a/ ##成员## 1 https://omabrowser.org/api/hog/hog/hog/hog:0273533.1b.1b.1b/members/ ## 2 https：/猪/猪：0273533.1B.1A/成员/

child_hog_ids =childrens_hogs [[['hog_id']]]]

从上方，我们可以认识到Hog：0261495.1a是其父猪猪的子鹰：0261495，它进一步分为2个孩子Subhogs，Hog：0261495.1a.1a和Hog：0261495.1A.1A.1B。我们通过查看儿童的根水平来进一步研究这种分裂发生的分类水平。

我们刚刚检测到了基因重复 - 有趣的是，是否存在任何基因分化作为同意。我们可以通过查看每个SubHog_ID的成员蛋白注释来检查此问题，并通过使用BioConductor Package Topgo对此进行GO富集分析。

1. Altenhoff，A.，Gil，M.，Gonnet，G。，＆Dessimoz，C。（2013年）。从直系同源基因对推断层次直系同源群，plos One，8 doi：10.1371/journal.pone.0053786