用Omadb探索分类树

克拉拉·卡莱布（Klara Kaleb）

2022-04-26

使用OMADB，用户可以使用GetTaxonomy结构轻松获得感兴趣的分类树。该树可以仅限于某个根部或成员列表，并以Newick格式返回数据。然后可以将Newick导出并使用APE创建树对象，然后使用GGTREE可视化。

这是在下面使用gettaxonomy（root ='alveolata'）函数完成的，其输出在下面。

图书馆（OMADB）加载（（'../ data/taxonomy.rda'）getObjectAttributes（分类）

## [1]“ root_taxon：null” ## [1]“ newick：tarne”

可以使用GGTREE软件包进一步分析并注释该树，也可以在Bioconductor中使用。可以使用OMADB中的GetTree（）函数轻松完成此操作。