### R代码从vignette源'REDseq。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:REDseq。Rnw: 35-39 ################################################### 图书馆(REDseq) REpatternFilePath =系统。文件(“extdata”、“examplePattern。足总”,包= " REDseq ")库(BSgenome.Celegans.UCSC.ce2)关联= buildREmap (REpatternFilePath BSgenomeName = Celegans,输出文件= " example.REmap ") ################################################### ### 代码块2号:REDseq。Rnw: 48 - 66 ################################################### 数据(example.REDseq)数据(example.map) r.unique = assignSeq2REsite(例子。REDseq,例子。地图,削减。Offset = 1, seq。长度= 36，允许。offset = 5, min.FragmentLength = 60, max。FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "unique") r.best= assignSeq2REsite(示例:REDseq,例子。地图,削减。Offset = 1, seq。长度= 36，允许。offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "best") r.random = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "random") r.average = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "average") r.estimate = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "estimate") head(r.estimate$passed.filter) ################################################### ### code chunk number 3: REDseq.Rnw:76-77 ################################################### data(example.assignedREDseq) ################################################### ### code chunk number 4: fig1 ################################################### plotCutDistribution(example.assignedREDseq,example.map, chr="2", xlim =c(3012000, 3020000)) ################################################### ### code chunk number 5: fig2 ################################################### distanceHistSeq2RE(example.assignedREDseq,ylim=c(0,25)) ################################################### ### code chunk number 6: REDseq.Rnw:111-112 ################################################### REsummary =summarizeByRE(example.assignedREDseq,by="Weight") ################################################### ### code chunk number 7: REDseq.Rnw:119-120 ################################################### binom.test.REDseq(REsummary) ################################################### ### code chunk number 8: REDseq.Rnw:127-130 ################################################### x= cbind(c("RE1", "RE2", "RE3", "RE4"), c(10,1,100, 0),c(5,5,50, 40)) colnames(x) = c("REid", "control", "treated") compareREDseq(x) ################################################### ### code chunk number 9: REDseq.Rnw:147-148 ################################################### sessionInfo()