# #——引用,eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -引用(Rbowtie) # #——安装、eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果需要(“BiocManager”) (!) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“Rbowtie”) # #——loadLibraries, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(Rbowtie) # #——bowtieBuildUsage eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - bowtie_build_usage () # #——bowtieBuild, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - refFiles < - dir(系统。文件(包=“Rbowtie”、“样品”、“参考文献”),全= TRUE) indexDir < - file.path (tempdir (),“refsIndex”) tmp <——bowtie_build(引用= refFiles outdir = indexDir前缀=“指数”,力= TRUE)头(tmp) # #——bowtieUsage eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - bowtie_usage() # #——领结,eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - readsFiles < -系统。文件(包=“Rbowtie”、“样品”、“读”、“reads.fastq”) samFiles < - file.path (tempdir (),“alignments.sam”)领结(序列= readsFiles指数=文件。路径(indexDir“指数”),输出文件= samFiles,山姆= TRUE,最佳= TRUE,部队= TRUE) strtrim (readline (samFiles), 65) # #——SpliceMap, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - readsFiles < -系统。文件(包=“Rbowtie”、“样品”、“读”、“reads.fastq”) refDir < -系统。文件(包=“Rbowtie”、“样品”、“参考文献”、“chr1.fa”) indexDir < - file.path (tempdir (),“refsIndex”) samFiles < - file.path (tempdir (),“splicedAlignments.sam”) cfg < -列表(genome_dir = refDir reads_list1 = readsFiles read_format =“FASTQ quality_format =“phred-33”,输出文件= samFiles temp_path = tempdir (), max_intron = 400000, min_intron = 20000, max_multi_hit = 10, seed_mismatch = 1, read_mismatch = 2, num_chromosome_together = 2, bowtie_base_dir =文件。路径(indexDir“指数”),num_threads = 4, try_hard = " yes ", selectSingleHit = TRUE) res < - SpliceMap (cfg) res strtrim (readline (samFiles), 65) # #——sessionInfo - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()