### R代码来自小插图来源的ReadqPCR。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:ReadqPCR ################################################### 库(ReadqPCR ) ################################################### ### 代码块2号:阅读。LC480 ################################################### 路径< -系统。file("exData"， package = "ReadqPCR")使用实例<- file。cycData <- read. path(path， "LC480_Example.txt")LC480(文件= LC480.example) # #荧光数据头(exprs (cycData)) # #把数据头(pData (cycData)) # #头(fData (cycData特性数据 )) ################################################### ### 代码块3号:CyclesSet ################################################### cycData # #信息类CyclesSet getClass(“CyclesSet ") ################################################### ### 代码块数量4:阅读。LC480SampleInfo ################################################### LC480。SamInfo <- file。samInfo <- read. path(path， "LC480_Example_SampleInfo.txt")LC480SampleInfo(文件= LC480.SamInfo) # # (pData (samInfo附加样本信息头 )) ################################################### ### 代码块5号:合并 ################################################### cycData1 < -合并(cycData samInfo) # #扩展把数据phenoData (cycData1)头(pData (cycData1)) varMetadata (phenoData (cycData1 )) ################################################### ### 代码块6号:阅读。qPCR ################################################### 路径< -系统。file("exData"， package = "ReadqPCR") qPCR。使用实例<- file。qPCRBatch. path(path， "qPCR.example.txt")qPCR < - read.qPCR (qPCR.example ) ################################################### ### 代码块7号:read.qPCR.tech.reps ################################################### qPCR.example.techReps < -文件。路径(路径,“qPCR.techReps.txt”)qPCRBatch.qPCR.techReps < - read.qPCR (qPCR.example.techReps) rownames (exprs (qPCRBatch.qPCR.techReps)) [1:8 ] ################################################### ### 代码块8号:阅读。taqman ################################################### taqman。使用实例<- file。qPCRBatch. path(path， "example.txt")taq <- read.taqman(taqman.example) ################################################### ### code chunk number 9: read.taqman.two ################################################### path <- system.file("exData", package = "ReadqPCR") taqman.example <- file.path(path, "example.txt") taqman.example.second.file <- file.path(path, "example2.txt") qPCRBatch.taq.two.files <- read.taqman(taqman.example, taqman.example.second.file) ################################################### ### code chunk number 10: read.taqman.tech.reps ################################################### taqman.example.tech.reps <- file.path(path, "exampleTechReps.txt") qPCRBatch.taq.tech.reps <- read.taqman(taqman.example.tech.reps) rownames(exprs(qPCRBatch.taq.tech.reps))[1:8] ################################################### ### code chunk number 11: taqman.qPCRBatch ################################################### qPCRBatch.taq ################################################### ### code chunk number 12: taqman.pData ################################################### pData(qPCRBatch.taq) ################################################### ### code chunk number 13: taqman.exprs.well.order ################################################### head(exprs.well.order(qPCRBatch.taq)) ################################################### ### code chunk number 14: taqman.exprs.well.order.plate.names ################################################### taqman.example.plateNames <- file.path(path, "exampleWithPlateNames.txt") qPCRBatch.taq.plateNames <- read.taqman(taqman.example.plateNames) head(exprs.well.order(qPCRBatch.taq.plateNames)) ################################################### ### code chunk number 15: taqman.exprs.well.order.plate.and.not ################################################### taqman.example <- file.path(path, "example.txt") taqman.example.plateNames <- file.path(path, "exampleWithPlateNames.txt") qPCRBatch.taq.mixedPlateNames <- read.taqman(taqman.example, taqman.example.plateNames) head(exprs.well.order(qPCRBatch.taq.mixedPlateNames)) ################################################### ### code chunk number 16: qPCR.exprs.well.order.withPlateId ################################################### head(exprs.well.order(qPCRBatch.qPCR)) ################################################### ### code chunk number 17: qPCR.exprs.well.order.noPlateId ################################################### qPCR.example.noPlateOrWell <- file.path(path, "qPCR.noPlateOrWell.txt") qPCRBatch.qPCR.noPlateOrWell <- read.qPCR(qPCR.example.noPlateOrWell) exprs.well.order(qPCRBatch.qPCR.noPlateOrWell)