1．1HTSlib版本

包含的HTSlib版本在包加载时显示，但用户也可以通过调用直接查询HTSlib版本Rhtslib::: htsVersion ()在R会话中。这个包的当前版本是1.7。

通过HTSlib作者发布的小版本来更新包含的HTSlib版本。如果您注意到包含的HTSlib比当前的小版本的HTSlib更老，请联系Rhtslib维护者。

1．2动机

使用它有几个优点Rhtslib，而不需要显式的用户系统依赖htslib直接。

• 使用Rhtslib这意味着您的用户(并不总是老练的系统管理员)不需要手动安装他们自己的库。
• 的定义版本htslib，这样作为开发人员的您就可以依赖于特定功能(和bug !)的存在，而不是编写代码来管理不同的库版本。

2.1发现头

为了让C/ c++编译器在安装包期间找到HTSlib头文件(以及Windows上的zlib头文件)，你必须添加Rhtslib而且zlibbioc到链接它的领域描述文件,例如,

链接到:Rhtslib, zlibbic

注意，从R 3.0.2开始链接值可以包括版本规范，例如:链接到:Rhtslib (>= 0.99.10)．

在C或c++代码文件中，使用标准技术，例如:# include“htslib / hts.h”．头文件可用于阅读(在R会话中输入)

系统。文件(包= " Rhtslib”,“包括”)

## [1] "/tmp/RtmpcMdpzw/Rinstd4c6e54339db/Rhtslib/include"

2．2根据库编译和链接

中包含的HTSlib来编译和链接你的包Rhtslib，你必须包括一个src / Makevars文件。

创建一个src / Makevars使用以下行文件

RHTSLIB_LIBS=$(shell "${R_HOME}/bin${R_ARCH_BIN}/Rscript" -e \ 'Rhtslib::pkgconfig("PKG_LIBS")') RHTSLIB_CPPFLAGS=$(shell "${R_HOME}/bin${R_ARCH_BIN}/Rscript" -e \ 'Rhtslib::pkgconfig("PKG_CPPFLAGS")') PKG_LIBS=$(RHTSLIB_LIBS) PKG_CPPFLAGS=$(RHTSLIB_CPPFLAGS)

请注意,$(壳……)是GNU的make语法，所以你应该添加GNU使到SystemRequirements字段描述你的包的文件，例如:

系统要求:GNU制作

我们使用的原因$(shell echo…)而不是反节拍(例如:“回声…”)是因为后者会导致问题，在评估之后，PKG_LIBS和/或PKG_CPPFLAGS包含包含空格的路径。

如果您的包需要添加到PKG_LIBS美元变量，通过添加PKG_LIBS = $ (RHTSLIB_LIBS)线,如

PKG_LIBS=$(RHTSLIB_LIBS) -L/path/to/foolib -lfoo

评论: #这可能会导致问题，例如，当的' head '节点评论: #一个集群通过一个符号链接来模拟集群节点评论: # Rhtslib的安装目录。使用评论: #环境变量RHTSLIB_RPATH解决这个问题的方法是评论: #设置为集群节点可访问的路径。