### R代码从vignette源的SCAN.vignette。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:设置 ################################################### ## 在临时工作目录pwd < setwd (tempdir吗 ()) ################################################### ### 代码块2号:download-geo-direct (eval = FALSE ) ################################################### ## 图书馆(GEOquery) # # tmpDir = tempdir() # #库(GEOquery) # # getGEOSuppFiles(“GSM555237 makeDirectory = FALSE, baseDir = tmpDir) # # celFilePath =文件。路径(GSM555237.CEL.gz tmpDir,” ") ################################################### ### 代码块3号:download-normalize (eval = FALSE ) ################################################### ## 库(SCAN.UPC) # #规范化(celFilePath =扫描 ) ################################################### ### 代码块4号:scan-geo (eval = FALSE ) ################################################### ## (“GSM555237规范化=扫描 ") ################################################### ### 代码块5号:download-normalize2 (eval = FALSE ) ################################################### ## 归一化=扫描(output_file.txt celFilePath outFilePath =” ") ################################################### ### 代码块6号:download-brainarray (eval = FALSE ) ################################################### ## install.packages(“hgu95ahsentrezgprobe_15.0.0.tar.gz”,回购= NULL, type = "来源 ") ################################################### ### 代码块7号:install-brainarray (eval = FALSE ) ################################################### ## pkgName = InstallBrainArrayPackage (celFilePath、“15.0.0”、“商品”,“entrezg ") ################################################### ### 代码块8号:scan-brainarray (eval = FALSE ) ################################################### ## 归一化=扫描(celFilePath probeSummaryPackage = pkgName ) ################################################### ### 代码块9号:scan-twocolor-main (eval = FALSE ) ################################################### ## output_file.txt SCAN_TwoColor(“GSM1072833”。 ") ################################################### ### 代码块10号:upc-microarray (eval = FALSE ) ################################################### ## upc1 = UPC (GSM555237) # # # # upc2 = UPC_TwoColor(“GSM1072833 ") ################################################### ### 代码块11号:upc-rnaseq (eval = FALSE ) ################################################### ## upc3 = UPC_RNASeq(“ReadCounts.txt”、“Annotation.txt ") ################################################### ### 代码块12号:scan-parallel (eval = FALSE ) ################################################### ## 库(doParallel) # # registerDoParallel(核心= 2)# # =扫描结果(“GSE22309”)