细胞轮廓矩阵
“细胞轮廓矩阵”是一个预定义的矩阵指定预期的表达谱中每个细胞类型的实验。SpatialDecon库提供了一个这样的矩阵预装,“SafeTME”矩阵,用于评估免疫和间质细胞肿瘤微环境。(这个矩阵是为了避免一般基因表达的癌细胞;有关详细信息,请参阅SpatialDecon手稿)。
让我们看一看一眼safeTME矩阵:
数据(“safeTME”)数据(“safeTME.matches”)signif(safeTME [seq_len(3),seq_len(3)),2)# >巨噬细胞肥大B.naive# > A2M 0.8500 0.044 0.0043种代号为ABCB1的# > 0.0021 0.023 0.0250# > ABCB4 0.0044 0.000 0.2200的热图(扫描(safeTME1,应用(safeTME1max),“/”),labRow =NA,利润=c(10,5))
safeTME细胞轮廓矩阵
对于其他组织类型的研究,我们提供了一个图书馆的细胞轮廓矩阵,可在Github和下载“download_profile_matrix”功能。
矩阵的完整列表,请参阅CellProfileLibrary GitHub页面。
下面我们下载一个矩阵的细胞资料来自scRNA-seq鼠标脾脏。
download_profile_matrix(物种=“鼠标”,age_group =“成人”,matrixname =“Spleen_MCA”)昏暗的(mousespleen)# > [1]11125 91:4,1:4]# > Dendritic.cell.S100a4。高Dendritic.cell.Siglech.high# > 0610009 b22rik 0.02985075 - 0.0000000# > 0610010 f05rik 0.00000000 - 0.0000000# > 0610010 k14rik 0.02985075 - 0.0000000# > 0610012 g03rik 0.08955224 - 0.1111111# >粒细胞巨噬细胞# > 0610009 b22rik 0.00000000 - 0.00000000# > 0610010 f05rik 0.00000000 - 0.00000000# > 0610010 k14rik 0.00000000 - 0.03846154# > 0610012 g03rik 0.08571429 - 0.03846154头(cellGroups)# >美元树突# > Dendritic.cell.S100a4 [1]”。高Dendritic.cell.Siglech.high”# ># >美元粒细胞# >[1]“粒细胞”# ># >美元巨噬细胞# >[1]“巨噬细胞”# ># >美元“边缘区B”# > [1]“Marginal.zone.B.cell”# ># >美元单核细胞# >[1]“单核”# ># > NK美元# > [1]“NK.cell”# >概要矩阵组织应变时效年龄组的物种33 # > MCA脾成年小鼠C57BL / 6 6 - 10周# > URL33 # > https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29474909/# >引用33 # >汉,x et al .映射Microwell-Seq老鼠细胞图谱。Cell172, 1091 - 1107。e17 (2018)。的热图(扫描(mousespleen1,应用(mousespleen1max),“/”),labRow =NA,利润=c(10,5),cexCol =0.7)
小鼠脾脏概要矩阵
为研究提供细胞轮廓矩阵不充分或者如果想要特定的单细胞的数据集,我们可以定制概要文件矩阵使用函数create_profile_matrix ()。
这个迷你单细胞数据集从Kinchen的一小部分数据,j . et al .结构重塑人类结肠间质炎症性肠病。单元175,372 - 386。e17 (2018)。
数据(“mini_singleCell_dataset”)美元mtx@昏暗的#基因x细胞250 # > [1]1814as.matrix(mini_singleCell_dataset美元mtx) (1:4,1:4]# > ACTGCTCGTAAGTTCC。S90 TGAAAGAAGGCGCTCT。S66 AGCTTGAGTTTGGGCC.S66# > PLEKHN1 0 0 0# > PERM1 0 0 0# > C1orf159 0 0 0# > TTLL10 0 0 0# > ACGGCCATCGTCTGAA.S66# > PLEKHN1 0# > PERM1 0# > C1orf159 0# > TTLL10 0头(mini_singleCell_dataset美元annots)# > CellID LabeledCellType# 2660 ACTGCTCGTAAGTTCC >。S90基质细胞# 2162 TGAAAGAAGGCGCTCT >。S66神经胶质细胞# 368 AGCTTGAGTTTGGGCC >。S66内皮细胞# 238 ACGGCCATCGTCTGAA >。S66基质细胞# 4158 TCTCTAACACTGTTAG >。S90基质细胞# 2611 ACGATGTGTGTGGTTT >。S90基质细胞表(mini_singleCell_dataset美元annots美元LabeledCellType)# ># >内皮细胞神经胶质细胞14 # > 12# >周皮细胞的细胞浆细胞3 # > 30# >结肠平滑肌细胞的间质细胞# > 1 190周皮细胞细胞和结肠平滑肌细胞将从这个矩阵由于低细胞计数下降。一般表达式返回一种类型的所有细胞细胞的一种类型,更好的反映了真实的基因表达。这些平均的信心可以改变使用minCellNum过滤器。
create_profile_matrix(mtx =mini_singleCell_dataset美元mtx,中#细胞x基因数矩阵cellAnnots =mini_singleCell_dataset美元annots,注释#细胞与细胞类型和单元名称列cellTypeCol =“LabeledCellType”,#包含细胞类型的列cellNameCol =“CellID”,#列包含细胞ID /名称matrixName =“custom_mini_colon”,#的名字最终姿态矩阵outDir =零,#路径所需的输出目录,设置为NULL如果矩阵不应该写正常化=假,#数据应该正常化吗?minCellNum =5,#最小数量的一种类型的细胞需要创建概要,排斥minGenes =10,#最小数量的基因表达的一个细胞,排斥scalingFactor =5,#所有的值应该为最后的矩阵乘以discardCellTypes =真正的)#细胞类型应过滤等类型的有丝分裂,紧身上衣,低质量的,未知的,等等。# >[1]“创建阿特拉斯”# >[1]“1/6:基质细胞”# >[1]“2/6:神经胶质细胞”# >[1]“3/6:内皮细胞”# >[1]“4/6:浆细胞”# >[1]“5/6:周皮细胞细胞”# >警告create_profile_matrix (mtx = mini_singleCell_dataset mtx美元,cellAnnots = mini_singleCell_dataset annots美元,:# >周皮细胞细胞从矩阵,因为它没有足够的可行的细胞根据目前过滤阈值。# >如果这个细胞类型考虑改变minCellNum或minGenes是必要的# >[1]”6/6:结肠平滑肌细胞”# >警告create_profile_matrix (mtx = mini_singleCell_dataset mtx美元,cellAnnots = mini_singleCell_dataset annots美元,:# >的结肠平滑肌细胞从矩阵,因为它没有足够的可行的细胞根据目前过滤阈值。# >如果这个细胞类型考虑改变minCellNum或minGenes是必要的头(custom_mtx)# >基质细胞胶质细胞内皮细胞浆细胞0.0000000 - 0.05787067 # > PLEKHN1 0.0000000 00.0000000 - 0.00000000 # > PERM1 0.1167131 00.0000000 - 0.07922668 # > C1orf159 0.0000000 00.1853931 - 0.00000000 # > TTLL10 0.0000000 00.0000000 - 0.07039008 # > TAS1R3 0.0000000 00.0000000 - 0.07922668 # > ATAD3C 0.1219237 0的热图(扫描(custom_mtx1,应用(custom_mtx1max),“/”),labRow =NA,利润=c(10,5),cexCol =0.7)
定制概要文件矩阵
可以创建自定义矩阵从单细胞数据类只要数矩阵和单元注释可以传递到函数。这是一个使用修对象创建一个矩阵的例子。
图书馆(SeuratObject)数据(“mini_singleCell_dataset”)rownames(mini_singleCell_dataset美元annots) < -mini_singleCell_dataset美元annots美元CellIDCreateSeuratObject(数=mini_singleCell_dataset美元mtx,中meta.data=mini_singleCell_dataset美元annots)鉴别(seuratObject) < -seuratObject美元LabeledCellTyperm(mini_singleCell_dataset)data.frame(cbind(cellType =as.character(鉴别(seuratObject)),cellID =的名字(鉴别(seuratObject))))create_profile_matrix(mtx =seuratObject@化验美元核糖核酸@计数,cellAnnots =annots,cellTypeCol =“cellType”,cellNameCol =“cellID”,matrixName =“custom_mini_colon”,outDir =零,正常化=假,minCellNum =5,minGenes =10)# >[1]“创建阿特拉斯”# >[1]“1/6:基质细胞”# >[1]“2/6:神经胶质细胞”# >[1]“3/6:内皮细胞”# >[1]“4/6:浆细胞”# >[1]“5/6:周皮细胞细胞”# >警告create_profile_matrix (mtx = seuratObject@assays RNA@counts美元,cellAnnots = annots:# >周皮细胞细胞从矩阵,因为它没有足够的可行的细胞根据目前过滤阈值。# >如果这个细胞类型考虑改变minCellNum或minGenes是必要的# >[1]”6/6:结肠平滑肌细胞”# >警告create_profile_matrix (mtx = seuratObject@assays RNA@counts美元,cellAnnots = annots:# >的结肠平滑肌细胞从矩阵,因为它没有足够的可行的细胞根据目前过滤阈值。# >如果这个细胞类型考虑改变minCellNum或minGenes是必要的头(custom_mtx_seurat)# >基质细胞胶质细胞内皮细胞浆细胞0.0000000 - 0.05787067 # > PLEKHN1 0.0000000 00.0000000 - 0.00000000 # > PERM1 0.1167131 00.0000000 - 0.07922668 # > C1orf159 0.0000000 00.1853931 - 0.00000000 # > TTLL10 0.0000000 00.0000000 - 0.07039008 # > TAS1R3 0.0000000 00.0000000 - 0.07922668 # > ATAD3C 0.1219237 0粘贴(“custom_mtx custom_mtx_seurat是相同的”,所有(custom_mtx= =custom_mtx_seurat))# > [1]“custom_mtx custom_mtx_seurat是一样的真正的“
细胞丰度估计
safeTME与新派生合并肿瘤的概要文件
直到丰富标注在电脑空间
直到丰富策划在物理空间
细胞丰度估计与相关细胞崩溃