# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置(dpi = 300)美元knitr:: opts_chunk设置(缓存= FALSE) # #美元——回声= FALSE,隐藏= TRUE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(TCGAbiolinks) # #——消息= FALSE,警告= FALSE,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(SummarizedExperiment)库(dplyr)库(DT) # # - - - - - eval = FALSE,消息= FALSE,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #查询< - GDCquery(#项目=“TCGA-GBM”, #数据。类型=“DNA甲基化”,#条形码= c (“tcga - 06 - 0122”,“tcga - 14 - 1456”), #平台=“人类甲基化Illumina公司27日”,#遗留= TRUE #) # GDCdownload(查询)#数据。hg19 < - GDCprepare(查询)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #试验(data.hg19) [1:5, 1:2) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #分类< - gliomaClassifier (data.hg19) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #名称(分类)#分类最后的美元。分类#美元分类模型。分类#美元分类模型。概率# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCGAquery_subtype (GBM) % > % dplyr::过滤器(病人% % c (“tcga - 06 - 0122”,“tcga - 14 - 1456”)) % > % dplyr::选择(“病人”、“Supervised.DNA.Methylation.Cluster”)