# #——回声= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::减价()选项(bitmapType =“开罗”)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #库(knitr) #潺潺流水(执行(“doc / RefactoredAffycoretools。限制型心肌病”,包= " affycoretools ")) # # # # - - - - -开始- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressMessages(图书馆(affycoretools))的数据(sample.ExpressionSet) eset < -样本。ExpressionSet eset # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - featureNames (eset) < - gsub (“/”、“_”featureNames (eset))模型# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressMessages(库(hgu95av2.db)) eset < - annotateEset (eset hgu95av2.db) suppressMessages(库(limma)) pd < - pData (phenoData (eset))设计< -模型。矩阵(~ 0 +类型+性,pd) colnames(设计)< - gsub(“类型|性”、“colnames(设计)对比< -矩阵(c (1 1 0)) colnames(对比)<——“案例与控制”符合< lmFit (eset、设计)fit2 < -对比。健康(健康,对比)fit2 < - ebay(适合)topTable (fit2, 1)[1:4] # #输出- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressMessages(库(ReportingTools)) htab < - HTMLReport (“afile”、“我的酷结果”)发布(topTable (fit2, 1), htab)完成(htab) # #——rtools - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - htab < - HTMLReport (“afile2”,“我酷的结果,ReportingTools风格”)发布(fit2 htab, eset因子= pd型美元,系数= 1,n = 10)完成(htab) # #——output2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - d。f < - topTable (fit2, 2) < - makeImages (df = d。f, eset =分野,grp。因素= pd $类型,设计=设计,对比=之下,colind = 1, repdir =“。”) htab < - HTMLReport (“afile3”,“我酷的结果,affycoretools风格”)发布(df美元,htab .mofifyDF =列表(entrezLinks affyLinks))完成(htab) # #——param2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -毛评点< -因子(应用(pd[1:2], 1、粘贴崩溃=“_”))设计< - model.matrix(0 ~ +毛评点)colnames(设计)< - gsub(“毛评点”、“colnames(设计)对比< -矩阵(c (1, - 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1), ncol = 3) colnames(对比)< - c (“Female_Case vs Female_Control”、“Male_Case vs Male_Control”,“互动”)符合< - lmFit (eset、设计)fit2 < -对比。健康(健康,对比)fit2 < - ebay (fit2) # #——output3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #得到包含输出为每个列表比较< -拉普(1:3,函数(x) topTable (fit2 x)) # #处理输出添加图片htab < -拉普(1:3,函数(x) {tmp < - HTMLReport (gsub (“_”、“colnames(对比)[x]), colnames(对比)[x],“。/报告”)tmp2 <——makeImages ([[x]], eset毛评点,设计,相反,x)发布(tmp2 df美元,tmp .modifyDF =列表(affyLinks entrezLinks))完成(tmp)返回(tmp)}) # #——桌子,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - d。f < - data.frame(比较=酸式焦磷酸钠(htab、功能(x) XML:: saveXML(链接(x))),“重大”数量=酸式焦磷酸钠(,nrow) check.names = FALSE) kable (d。f,标题= "的重要基因。”格式=“html”, # #——makevenn row.names = FALSE),结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - collist < -列表(1:2)维恩< makevenn (fit2、对比、设计collist = collist adj.meth =“没有”)# #为每个维恩生成标题的列表。# #我们只有一个,所以这是一个列表的长度是1。# #我们使用BiocStyle包控制格式,# #第一个句子将会以蓝色粗体和。帽< -列表(粘贴(“维恩图。注意,第一句话是“粗体”、“忧郁,而其余的是正常的类型和黑色。通常”、“一个会使用一个比这个更有用的标题。”)vennInLine(维恩,帽)# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()