# # - - - - - v1,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # > ",eval = TRUE,作物= NULL) # #——安装、eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“alevinQC”) # # - - - - - v2消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(alevinQC) # #——v3a eval = FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # baseDir # |——小鲑鱼# | | - featureDump。txt # | | - filtered_cb_frequency。txt # | | - MappedUmi。txt # | | - quants_mat_cols。txt # | | - quants_mat_rows。txt # | | - quants_mat。广州# | | - raw_cb_frequency。txt # | |——白名单。txt # |——aux_info # | | - meta_info。json # |——cmd_info。json # #——v3b, eval = FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # baseDir # |——小鲑鱼# | | - featureDump。txt # | | - raw_cb_frequency。txt # | |——白名单。txt(取决于小鲑鱼是如何运行)# |——aux_info # | | - meta_info。json # | | - alevin_meta_info。json # |——cmd_info。v4 json # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - baseDir < - - - - - -执行(“extdata / alevin_example_v0.14”、包=“alevinQC”) checkAlevinInputFiles (baseDir = baseDir) # #——v5,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - outputDir < - tempdir () alevinQCReport (baseDir = baseDir sampleId =“testSample outputFile = " alevinReport。html”, outputFormat = " html_document "、outputDir = outputDir forceOverwrite = TRUE) # # - - - - - v7中,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -应用<——alevinQCShiny (baseDir = baseDir sampleId =“testSample”) # #——v8, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #亮::runApp (app) # #——v9 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -小鲑鱼<——readAlevinQC (baseDir = baseDir) # #——v10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -头(小鲑鱼cbTable美元)# #——v11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: kable(小鲑鱼summaryTables fullDataset美元)knitr:: kable(小鲑鱼summaryTables initialWhitelist美元)knitr:: kable(小鲑鱼summaryTables finalWhitelist美元)# # 12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: kable(小鲑鱼versionTable美元)# #——v13,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotAlevinKneeRaw(小鲑鱼cbTable美元)plotAlevinBarcodeCollapse(小鲑鱼cbTable美元)plotAlevinQuant(小鲑鱼cbTable美元)plotAlevinKneeNbrGenes(小鲑鱼cbTable美元)# #——第十四节- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()