3．1从列

的get_col ()方法填充迭代器在到一个Rcpp具有来自列的值的向量c矩阵的。至少应该有nrow可访问元素，即*在而且* (+ nrow-1)应该是有效的条目。

焦度- > get_col (c / * / * Rcpp size_t * /::向量::iterator * /);

方法指定列范围的提取第一个而且最后的参数。这个会填满在列的值c从行第一个来持续1．至少应该有last-first可访问元素，即*在而且* (+ last-first-1)应该是有效的条目。

焦度- > get_col (c / * size_t * / / * Rcpp::向量::iterator * /, / * size_t去年/ * size_t * / * /);

这两个方法都不会返回任何值。请注意,c应该是一个零索引的整数[0, ncol)．类似地,两个第一个而且最后的应该在[0, nrow]零索引，附加的要求是最后>=第一个．

3.2从行

的get_row ()方法接受一个迭代器在到一个Rcpp向量，然后用row的值填充它r．至少应该有ncol可访问元素，即*在而且* (+ ncol-1)应该是有效的条目。

焦度- > get_row (r / * / * Rcpp size_t * /::向量::iterator * /);

属性指定行范围的提取第一个而且最后的参数。这个会填满在值在行中r从列第一个来持续1．至少应该有last-first可访问元素，即*在而且* (+ last-first-1)应该是有效的条目。

焦度- > get_row (r / * size_t * / / * Rcpp::向量::iterator * /, / * size_t去年/ * size_t * / * /);

这两个方法都不会返回任何值。再一次,r应该是一个零索引的整数[0, nrow)．这两个第一个而且最后的应该在[0, ncol]零索引，附加的要求是最后>=第一个．

3．3从单个细胞

的get ()方法在行的矩阵项上返回双精度值r和列c．这两个r而且c应该是零索引的整数吗[0, nrow)而且[0, ncol)分别。

Double val = dptr->get(r， /* size_t */ c /* size_t */);

3.4类型转换

如果对象在是一个Rcpp: NumericVector:: iterator实例中，矩阵项将被提取为双精度值。如果是Rcpp: IntegerVector:: iterator实例中，矩阵项将提取为从双精度类型进行隐式转换的整数焦度．它也是可能的使用Rcpp: LogicalVector:: iterator，但请参阅警告下面．

4．1从列

的get_cols ()方法填充迭代器在到一个Rcpp由矩阵多列的值组成的向量。的idx迭代器应该指向一个长度为整数的数组n，包含用于提取的列索引。索引应该是从零开始的和严格意义上的增加，即不重复。

dptr->get_cols(idx， /* Rcpp::IntegerVector::iterator */ n， /* size_t */ in， /* Rcpp::Vector::iterator */ first， /* size_t */ last /* size_t */);

中的值的范围(首先,最后)提取。如果第一个而且最后的未指定时，范围将默认为[0, nrow)．因此，至少应该有n * (last-first)指向的可访问元素在．

该方法将提取列主格式的值。也就是说，如果要计算包含所选列和所选行范围的子矩阵，则该子矩阵将以列-主形式可用在．

此方法不返回任何值。

4.2从行

的get_rows ()方法填充迭代器在到一个Rcpp由矩阵的多行值组成的向量。的idx迭代器应该指向一个长度为整数的数组n，包含用于提取的列索引。索引应该是从零开始的和严格意义上的增加，即不重复。

dptr->get_rows(idx， /* Rcpp::IntegerVector::iterator */ n， /* size_t */ in， /* Rcpp::Vector::iterator */ first， /* size_t */ last /* size_t */);

中的值的范围(首先,最后)提取。如果第一个而且最后的未指定时，范围将默认为[0, ncol)．因此，至少应该有n * (last-first)指向的可访问元素在．

就像get_cols ()，此方法将以列主格式提取值。也就是说，如果要计算包含所选列和所选行范围的子矩阵，则该子矩阵将以列-主形式可用在．注意，这意味着中连续的元素在是不同一行!相反，它们将来自同一列，但只来自指定的行idx．

此方法不返回任何值。

5.1其他数据类型

要创建逻辑、整数和字符矩阵，包括以下头文件:

#include "beachmat/logical_matrix.h" #包括"beachmat/integer_matrix.h"

逻辑矩阵的调度函数相应变化lmat，整数矩阵imat或者字符矩阵cmat．的惟一指针* _matrix合适的类型。

//创建std::unique_ptr auto lptr=beachmat::create_logical_matrix(lmat);//创建std::unique_ptr auto iptr=beachmat::create_integer_matrix(imat);//创建std::unique_ptr auto cptr=beachmat::create_character_matrix(cmat);

对于每一种矩阵类型都有相应的方法。

对于整数矩阵和逻辑矩阵，get ()将返回一个整数。在可以是前面描述的任何类型numeric_matrix对象。

对于字符矩阵，所有迭代器都应该是类型Rcpp: StringVector:: iterator,get ()将返回一个Rcpp:字符串．

额外的笔记

• 如果在是一个Rcpp: LogicalVector:: iterator对于非逻辑矩阵，结果可能不像预期的那样。为numeric_matrix实例中的双精度值(1,1)在c++中由于双整数强制转换而被强制为零。这与R中非零值的行为不一致，非零值被强制为真正的．为integer_matrix实例中，整数值不强制为{0,1}当他们被分配到*在．因此，即使解释是正确的，所产生的向量也不会等价于的结果as.logical调用。作为一般规则，使用它是不明智的Rcpp: LogicalVector:: iteratorS代表其他任何东西logical_matrix访问。
• 当访问character_matrix数据，我们不返回原始数据const char *指向c风格字符串的指针。相反,Rcpp:字符串类的使用是因为它提供了一个方便的底层包装器CHARSXP．这确保字符串存储在R的全局缓存中，并适当地防止垃圾收集。

5.2可供选择的矩阵表示

以下矩阵类是由API原生支持的:

• 数字:矩阵，dgeMatrix，dgCMatrix
• 整数:矩阵
• 逻辑:矩阵，lgeMatrix，lgCMatrix
• 性格:矩阵

API也将支持本机DelayedMatrix使用上述矩阵作为后端的对象而且只包含子集或移位操作的。本机支持任意用户提供的矩阵是可能的，参见在这里有关详情及HDF5Array举个例子。

对于所有其他矩阵，API通过块处理机制间接支持数据访问。这涉及到调用R，以将矩阵的一个块(包含所请求的行或列)实现为密集的连续数组。类中的方法控制块的大小，以便对同一块中的行/列的进一步请求不涉及对r的新调用DelayedArray包,看到blockGrid ?获取详细信息。

额外的笔记

• 对于数值矩阵，beachmat不支持高级矩阵操作，如加法、乘法或各种因式分解。相反,收益率可以用方法获取原件Rcpp: RObject用于输入RcppArmadillo或RcppEigen．该功能通常仅限于基本矩阵，尽管这些库中对稀疏矩阵的支持也有限。

6.1概述

对于特定的矩阵表示，可以使用特殊的方法来提高列级数据访问的效率。

• 普通矩阵或dgeMatrix实例存储为密集数组，因此可以通过返回每个列的开头的迭代器来访问列而不复制。
• 如果下面的矩阵是adgCMatrix，列稀疏格式允许我们直接访问每列的非零值(及其行索引)，而不需要复制。

的const_column类提供了方便的包装器，以便在可能的情况下利用这些优化。

#include "beachmat/utils/const_column.h" //需要一个get()，因为unique_ptr是不可复制的。beachmat: const_column < beachmat: numeric_matrix > col_holder (dptr.get ());

的填满方法将指示const_column对象获取相关列，如果表示形式支持，则利用无复制方法。对于其他矩阵，它简单地调用get_col ()对其内部存储执行复制。

col_holder。填满( c /* size_t */, first /* size_t */, last /* size_t */ );

的第一个而且最后的参数是可选的，其行为与前面描述的相同。

额外的笔记

• 人的一生const_column实例的值不应超过numeric_matrix它是用它来建造的。这是因为前者持有指向后者的指针，后者在销毁时将不再有效。的const_column还保留了指向底层r管理数据的迭代器，这些数据可能会使其失效numeric_matrix在一些人为的场景中破坏。

6.2解释迭代器

获取列值的迭代器get_values：

Rcpp:: NumericVector:: iterator val = col_holder.get_values ();

获取每个值的行索引的迭代器get_indices：

Rcpp:: IntegerVector:: iterator idx = col_holder.get_indices ();

迭代器所指向的值的数量是通过get_n：

size_t n = col_holder.get_n ();

显然，稀疏矩阵不会在by指向的值数组中存储任何零get_values ()，在by指向的数组中也不会出现0的行下标get_indices ()．这可能需要也可能不需要一些定制代码来最大限度地利用稀疏性:

if (col_holder.is_sparse()){//快速处理非零元素。} else{//对所有元素执行操作。｝

6.3进一步的选择

一些应用程序需要表示包括0在内的所有元素，例如，当后续数组需要通过行索引访问时。方法可以确保获得密集数组的迭代器const_column与allow_sparsity参数关闭:

Beachmat::const_column< Beachmat::numeric_matrix> col_holder(dptr.get()， false);

这样做会迫使const_column使用get_col ()用于访问稀疏矩阵，而不是获取原始结构的迭代器。然而，密集矩阵的无复制优化仍然是有效的。

对于非稀疏矩阵，调用get_indices ()将导致用连续的迭代器填充内部数组。一个人可以在许多人之间共享这个数组const_column通过调用get_indices ()在构建副本之前:

beachmat: const_column < beachmat: numeric_matrix > col_holder (dptr.get ());col_holder.get_indices ();//有效的“静态”索引。//在不重新生成索引的情况下复制任意数量的索引。汽车holder_copy = col_holder;

这可以节省一些内存const_column对象将被创建。