### r代码来自Vignette source'layingoutpathways.rnw'########################################################## ###代码块数字1：设置###############################################################################################-list（graph = list（rankdir =“ lr”））imcagraph <-layoutgraph（imcagraph，attrs = attrs）rendergraph（imcagraph）#########################################################################################）< - 标签<-n nc <-nchar（标签）表（nc）long < - labels [order（nc，decteasing = true）] [1：4]长############################################＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ 标签[long] <-c（粘贴（“磷脂酰\ \ ninositol \ n”，“信号\ nsystem”，sep =“”），“ cell \ nproferation”，“ cell \ nmaintenance”，“ cell \ nmotity”）################################################################# ###代码块数字5：setlabel #####################################################################################代码块数字6：Redolayout1 ####################################################### attrs $ node < - list（fixedSize = false）宽度<-c（2.5，1.5，1.5，1.5）高度<-c（1.5，1.5，1.5，1.5，1.5，1.5）名称（width）< -名称（高度）<-long nodeAttrs < - list（width = width，height = height）########################################################### shape <- rep("rectangle", length(n)) names(shape) <- n shape[long[1]] <- "ellipse" shape[c(long[2:4], "F-actin")] <- "plaintext" nodeRenderInfo(IMCAGraph) <- list(shape=shape) IMCAGraph <- layoutGraph(IMCAGraph, attrs=attrs, nodeAttrs=nodeAttrs) renderGraph(IMCAGraph) ################################################### ### code chunk number 8: colorPlot ################################################### colors <- rep("lightgreen", length(n)) names(colors) <- n transp <- c("ITGB", "ITGA", "MYO", "ACTN", "JNK", "p110", "Phosphatidylinositol signaling system", "PI5K", "MYO-P", "cell maintenance", "cell motility", "F-actin", "cell proliferation") colors[transp] <- "transparent" nodeRenderInfo(IMCAGraph) <- list(fill=colors) renderGraph(IMCAGraph) ################################################### ### code chunk number 9: subgraphs ################################################### sg1 <- subGraph(c("ITGA", "ITGB", "ILK", "CAV"), IMCAGraph) sg2 <- subGraph(c("cell maintenance", "cell motility", "F-actin", "cell proliferation"), IMCAGraph) sg3 <- subGraph(c("ACTN", "VCL", "TLN", "PXN", "TNS", "VASP"), IMCAGraph) sg4 <- subGraph(setdiff(n, c(nodes(sg1), nodes(sg2), nodes(sg3))), IMCAGraph) ################################################### ### code chunk number 10: subGList ################################################### subGList <- vector(mode="list", length=4) subGList[[1]] <- list(graph=sg1, attrs=c(rank="source")) subGList[[2]] <- list(graph=sg2, attrs=c(rank="sink")) subGList[[3]] <- list(graph=sg3, cluster=TRUE) subGList[[4]] <- list(graph=sg3, cluster=TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: plotSubgraph ################################################### IMCAGraph <- layoutGraph(IMCAGraph, attrs=attrs, nodeAttrs=nodeAttrs, subGList=subGList) renderGraph(IMCAGraph) ################################################### ### code chunk number 12: expressionGraph ################################################### require("geneplotter") require("fibroEset") require("hgu95av2.db") data("fibroEset") plotExpressionGraph(IMCAGraph, IMCAAttrs$LocusLink, exprs(fibroEset)[,1], hgu95av2ENTREZID, attrs=attrs, subGList=subGList, nodeAttr=nodeAttrs) ################################################### ### code chunk number 13: VJCGraph ################################################### z <- IMCAGraph nodeRenderInfo(z) <- list(shape="plaintext", fontsize=100) nag <- layoutGraph(z, attrs=list(edge=list(arrowsize=2.8, minlen=3))) renderGraph(nag) ################################################### ### code chunk number 14: layingOutPathways.Rnw:313-314 ################################################### sessionInfo() ################################################### ### code chunk number 15: layingOutPathways.Rnw:318-319 ################################################### graphvizVersion()