### R代码从vignette源的剪切器。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:cppr ################################################### 选项(保持。源= TRUE,宽度= 60)cppr < - packageDescription(“限幅器 ") ################################################### ### 代码块3号:loadGraphitePathways ################################################### 库(石墨)kegg < -途径(“hsapiens”、“kegg”)图< - convertIdentifiers (kegg[[“慢性骨髓性白血病”]],“可以”)图< - pathwayGraph < -节点(图)(图)基因(基因 ) ################################################### ### 代码块4号:loadDataAndClasses ################################################### (所有库(全部)数据 ) ################################################### ### 代码块5号:lookPhenoData ################################################### 头(pData(全部))暗(pData(所有 )) ################################################### ### 代码块6号:Bcell-selection ################################################### pData(全部)$ BT pAllB < - pData(所有)[grep(“B”,pData(全部)BT)美元,](pAllB暗淡 ) ################################################### ### 代码块7号:mol.biolSelection ################################################### pAllB美元的摩尔。biol' NEG <- pAllB$'mol。biol' == "NEG" BCR <- pAllB$'mol。杂志”= =“BCR / ABL”笼罩在< - pAllB[(底片| BCR ),] ################################################### ### 代码块8号:builtClassesVector ################################################### classesUn < - as.character(笼罩mol.biol)美元classesUn (classesUn = =“BCR / ABL”)< - 2 classesUn [classesUn = = "否定"]< - 1 classesUn < - as.numeric (classesUn)名称(classesUn) < - row.names(幕)类< - (classesUn排序 ) ################################################### ### 代码块9号:selectExpressionSet ################################################### 库(“hgu95av2.db”)所有< -[,名字(类)]probesIDS < - row.names (exprs(所有)featureNames (all@assayData) < -unlist (mget (probesIDS hgu95av2ENTREZID))所有< - [(! is.na row.names (exprs(所有 ))))] ################################################### ### 代码块10号:加密。Rnw: 126 - 128 ################################################### all_rnames < - featureNames (all@assayData) featureNames (all@assayData) < -粘贴(“all_rnames ENTREZID”,9月 = ":") ################################################### ### 代码块11号:obtainingTheSubgraph ################################################### 库(图)< -交叉基因(基因,row.names (exprs(所有)))图< -子图(基因,图)exp < -所有(基因,,= FALSE) exp暗(exprs (exp )) ################################################### ### 代码块12号:pathQUsage ################################################### 库(快船)pathwayAnalysis < - pathQ (exp、类图,nperm = 100, alphaV = 0.05, b = 100) pathwayAnalysis ################################################### ### 代码块13号:clipperUsage ################################################### 剪< -快船(exp、类图,“var”,trZero = 0.01,排列= FALSE)剪[1:5 ] ################################################### ### 代码块14号: sintetizeYourResult ################################################### clipped <- prunePaths(clipped, thr=0.2) clipped[,1:5] ################################################### ### code chunk number 15: easyClip usage ################################################### clipped <- easyClip(exp, classes, graph, method="mean") clipped[,1:5] ################################################### ### code chunk number 16: easylook usage ################################################### easyLook(clipped)