概述
clusterProfiler实现方法分析和可视化功能基因组坐标(支持的配置文件ChIPseeker)、基因和基因簇。
支持分析
- 代表比例分析
- 基因集富集分析
- 生物主题比较
支持本体/途径
- 疾病本体(通过剂量)
- 癌症基因网络(通过剂量)
- DisGeNET(通过剂量)
- 基因本体论(支持许多物种去查询在线通过注释AnnotationHub)
- KEGG通路与最新的在线数据和模块(支持超过4000个物种中列出http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html)
- Reactome通路(通过ReactomePA)
- 大卫(通过RDAVIDWebService)
- 分子特征数据库
- 特征基因集
- 位置的基因集
- 策划基因集
- 图案基因集
- 计算基因集
- 去基因集
- 致癌的签名
- 免疫签名
- 其他的注释
可视化
- barplot
- cnetplot
- dotplot
- emapplot
- gseaplot
- goplot
- upsetplot
装饰图案
引用
如果你使用clusterProfiler在发表的研究中,请列举:
G余王,LG, Y汉QY他。clusterProfiler: R包比较生物主题之间的基因簇。组学:一个综合生物学》杂志上2012年,16 (5):284 - 287。doi: 10.1089 / omi.2011.0118)(http://dx.doi.org/10.1089/omi.2011.0118)
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