## -----选项，echo = false ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------选项（width = 72）## ---------- libs，messages = false，cache = true，parning = false ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 图书馆（compepitools）require（txdb.mmusculus.ucsc.mm9.mm9。已知）需要（org.mm.m.eg.db）txdb <-txdb.mmusculus.ucsc.mm9= 6，图。Height= 5，out.width ='。85\\ textWidth'，messages = false，cache = true ----- bampath <-system.file（“ extdata”，“ extdata”，“ ex1.bam”，package=“ rsamtools”）ir <-iranges（start = c（1000，100），end = c（2000，1000））gr <-granges（seqnames = rle（c（'seq1'，'seq2'）），范围= ir）res <-grbasecoverage（object = gr，bam = bampath）grcoverage（object = gr，bam = bampath，nnorm = false，snorm = false）[1] grcoverageInbins（object = gr，bam = bam = bampath，bampath，nnorm = false，snorm = false，nbins = 5）[1，] summit <-grcoveragesummit（object = gr，bam = bampath）plot（res [[1]]，type ='l'，xlab ='bp'，ylab =''读取计数'）abline（v = start（summit [1]） - start（gr [1]）+1，lty = 2，lwd = 2）## --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TSSpos<-tss（txdb）gr <-tsspos [1：5] start（gr）< - start（gr）-1000 end（gr）< - end（gr）-600 mcols（gr）（gr）<-Null＃检索CGI MM9来自UCSC注释表的岛Cgipath <-system.file（“ extdata”，“ cgigr_mm9.rdata”，package =“ compepitools”）load（cgipath）res <-grannotate（object = grmidpoint（grmidpoint（gr），txdb = txdb，eg2gs = txdb，eg2gs = txdb，eg2gs = txdb，eg2gs = txdb，eg2gs = txdb，eg2gs =org.Mm.eg.db, upstream=2000, downstream=1000, userAnn=GRangesList(CGI=CGIgr_mm9)) show(res) ## ----GRheat1,fig.width=6,fig.height=9,out。（gr）-600 extgr <-granges（seqnames（gr），ranges = iranges（start（gr）-1000，end（gr） + 1000））数据< -heatmapdata（grl = list = list（chipseq = gr），refgr = = =extgr，type ='gr'，nbins = 20，txdb = txdb）pvalues <-c（runif（20,1e-20,1e-8），runif（15,1e-4,4,1e-2），munif（15），0.5,1））PVALUE <-cbind（PVALUES，REP（0，50），REP（0，50））ROWNAMES（data [[[1]] [[1]]））<-粘贴（1:50，Signif（pvalues [，1]，1），sep ='＃'）heatmapplot（matlist = data [[1]]，clusterInds = 1：3）## ----------------------------------------------------------------，图width = 6，图。光荣= 9，out.width ='。85\\ textwidth'，messages = false，cache = true ---- heatmapplot（matlist = data [[1]]，sigmat = pvalues，clusterinds = 1：3）## -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- sessioninfo（）