### R代码来自vignette源的covEB。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:covEB。Rnw: 30 - 31 ################################################### 选项(宽度= 60 ) ################################################### ### 代码块2号:covEB。Rnw: 39-47 ################################################### 库(covEB)σ< -矩阵(c(4、2、2、3),ncol = 2) x < - rmvnorm (n = 500,意味着= c(1、2),σ=σ)samplecov < x (x)测试< -EBsingle (samplecov startlambda = 0.4 n = 500 ) ################################################### ### 代码块3号:covEB。Rnw: 51-60 ################################################### σ< -矩阵(c(4、2、0.5、0.5、2、3、0.5、0.5、0.5、0.5、3、2.5,0.5,0.5,2.5,4),ncol = 4) x < - rmvnorm (n = 500,意味着= c(1、2、1.5、2.5),σ=σ)samplecov < x (x) vnames <粘贴(“a”,1:4,9 = " ")rownames (samplecov) < -vnames colnames (samplecov) < -vnames test2 < -EBsingle (samplecov组=列表(c (a1, a2”),c (a3、a4)), n = 500 ) ################################################### ### 代码块数量4:covEB。Rnw: 64 - 69 ################################################### 库(curatedBladderData)(包=“curatedBladderData”)数据(GSE89_eset) Edata < exprs (GSE89_eset ) ################################################### ### 代码块5号:covEB。Rnw: 74 - 80 ################################################### 方差<应用(Edata 1 var) Edata < -Edata[这(方差>分位数(方差、0.8)),]covmat < x (t (Edata)) cormat < -cov2cor (covmat) #我们现在能够使用covmat作为输入为covEB:从< -EBsingle (covmat startlambda = 0.5, n = 40 ) ################################################### ### 代码块6号:covEB。Rnw: 84 - 87 ################################################### outmat <两级outmat (abs () < 0.5) < 0 outmat (abs () > = 0.5) < 1 ################################################### ### 代码块7号:covEB。Rnw: 90 - 99 ################################################### clusth <集群(graph.adjacency (outmat))选取<——(clusth会员= = 6美元)subgraphEB < -outmat[选取,选取]子图< -cormat[选取,选取]子图(子图< 0.5)< 0子图(子图> = 0.5)< 1诊断接头(子图)< 0诊断接头(subgraphEB) < 0 ################################################### ### 代码块8号:covEB。Rnw: 102 - 105 (eval = FALSE ) ################################################### ## ## 情节(graph.adjacency(子图模式=无向))# #地块(graph.adjacency (subgraphEB,模式=无向))