内容

1介绍

这CSAW.包装是为德诺维从芯片-SEQ数据检测差异绑定区域。它使用滑动窗口方法来从分类和索引BAM文件中的基因组读取读数。然后使用该方法测试每个窗口，在库之间进行显着差异，edger.包裹。它实现了统计方法：

CSAW.可以应用于任何具有生物复制的多个条件的任何数据集。虽然用于芯片SEQ数据，但该包装中的方法也可以应用于任何类型的测序数据，其中基因组覆盖的变化是感兴趣的。

2文件

完整的用户指南可作为在线文档中的一部分提供Csawbook.包裹。它可以通过键入：

库（CSAW）if（Interactive（））csawusersguide（）

通过通常的R帮助系统可获得Speicific功能的文档，例如，？WindowCounts.。关于包裹的进一步问题应该被引导到生物体支撑位点。

3.会话信息

sessioninfo（）
## R版本4.1.0（2021-05-18）##平台：X86_64-PC-Linux-GNU（64位）##正在运行：Ubuntu 20.04.2 LTS ## ##矩阵产品：默认##Blas：/home/biocbuild/bbs-3.13-bioc/r/lib/liblblas.so ## lapack：/home/biocbuild/bbs-3.13-bioc/r/lib/librlapack.so ## locale：##[1] lc_ctype = en_us.utf-8 lc_numeric = c ## [3] lc_time = en_gb lc_coollat​​e = c ## [5] lc_monetary = en_us.utf-8 lc_messages = en_us.utf-8 ## [7] lc_paper =en_us.utf-8 lc_name = c ## [9] lc_address = c lc_telephone = c ## [11] lc_measurement = en_us.utf-8 lc_identification = c ## ##附加基本包：## [1]并行stats4 stats图形grdevices实用数据集## [8]方法基础## ##其他附加的包：## [1] CSAW_1.26.0概述_22.0 ## [3] BioBase_2.52.0 MatrixGenerics_1.4.0 ## [5] MatrixStats_0.58.0 GenomicRanges_1.44.0 ## [7] genomeinfodb_1.28.0 iranges_2.26.0 ## [9] s4vectors_0.30.0 biocgenerics_0.38.0＃11] biocstyle_2.20.0 ## ##通过命名空间加载（而不是附加）：## [1] rcpp_1.0.6 bslib_0.2。5.1 compiler_4.1.0 ## [4] BiocManager_1.30.15 jquerylib_0.1.4 XVector_0.32.0 ## [7] bitops_1.0-7 tools_4.1.0 zlibbioc_1.38.0 ## [10] metapod_1.0.0 digest_0.6.27 lattice_0.20-44 ## [13] jsonlite_1.7.2 evaluate_0.14 rlang_0.4.11 ## [16] Matrix_1.3-3 DelayedArray_0.18.0 yaml_2.2.1 ## [19] xfun_0.23 GenomeInfoDbData_1.2.6 stringr_1.4.0 ## [22] knitr_1.33 Biostrings_2.60.0 sass_0.4.0 ## [25] locfit_1.5-9.4 grid_4.1.0 R6_2.5.0 ## [28] BiocParallel_1.26.0 rmarkdown_2.8 bookdown_0.22 ## [31] limma_3.48.0 edgeR_3.34.0 magrittr_2.0.1 ## [34] Rsamtools_2.8.0 htmltools_0.5.1.1 stringi_1.6.2 ## [37] RCurl_1.98-1.3 crayon_1.4.1