1简介

ensembldb默认使用类似于Bioconductor中的其他注释包的SQLite数据库后端，即从所提供的基于文件的SQLite数据库中检索注释通过包，例如EnsDb.Hsapiens.v86包中。此外,ensembldb允许将后端从SQLite切换到MariaDB/MySQL，从而从MySQL服务器检索注释。对于运行配置良好的MySQL服务器的实验室来说，这样的设置可能很有用，因为它只需要在数据库服务器上安装EnsDb数据库，而不需要在单个客户端上安装。

请注意本文档中的代码不会在小插图生成期间执行，因为这需要访问MySQL服务器。

2使用ensembldb使用MySQL服务器

安装EnsDbMySQL服务器中的数据库是直接的-假设用户对服务器有写访问权:

##调用useMySQL方法，提供所需的凭据来创建##数据库，并在MySQL服务器上插入数据edb_mysql <- useMySQL(EnsDb. hsapiens .v86)v86, host = "localhost"， user = "userwrite"， pass = "userpass") ##使用endb对象基因(edb_mysql)

使用EnsDb在MySQL服务器中无需安装相应的R-package，即可将对数据库的连接传递给EnsDb构造函数。结果是EnsDb对象注释可以从MySQL数据库中检索。

library(ensembldb) library(RMariaDB) ##连接MySQL数据库，列出数据库。dbcon <- dbConnect(MariaDB()， host = "localhost"， user = "readonly"， pass = "readonly") ##列出可用的数据库listEnsDbs(dbcon) ##连接其中一个数据库并使用该数据库。dbcon <- dbConnect(MariaDB()， host = "localhost"， user = "readonly"， pass = "readonly"， dbname = "ensdb_hsapiens_v75") edb <- EnsDb(dbcon) edb . dbcon () edb . dbConnect(MariaDB()， host = "localhost"， user = "readonly"， pass = "readonly"

3.会话信息

sessionInfo ()

## R版本4.2.1(2022-06-23)##平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)##运行在Ubuntu 20.04.5 LTS ## ##矩阵产品:默认## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRblas。/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRlapack。所以## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC= c# # [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE= c# # [5] LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US。UTF-8 LC_NAME= c# # [9] LC_ADDRESS=C lc_phone = c# # [11] LC_MEASUREMENT=en_US。UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ##附加的基本包:## [1]stats graphics grDevices utils datasets methods基础## ##其他附加包:## [1]BiocStyle_2.26.0 ## ##通过命名空间加载(且未附加):## [1] bookdown_0.29 digest_0.6.30 htmltools_0.5.3 ## [22] knitr_1.40 sass_0.4.2 ## [7] stringi_1.7.8 cachem_1.0.6 rlang_1.0.6 ## [7] cli_3.4.1 jquerylib_0.1.4 bslib_0.4.0 ## [13] rmarkdown_2.17 tools_4.2.1 string_1 .4.1 ## bbbxfun_0.34 yaml_2.3.6 fastmap_1.1.0 ## [19] compiler_4.2.1 BiocManager_1.30.19 htmltools_0.5.3 ## [22] knitr_1.40 sass_0.4.2