eviviz
是用于功能基因组学数据的交互式可视化工具。它像其他基因组浏览器一样支持基因组导航,但使用散点图,热图和其他用户提供的可视化量允许在基因组区域内进行多种可视化数据。您可以在http://epiviz.cbcb.umd.edu/help并观看视频巡回演出这里。
这个包,EPIVIZRSTANTALLONE
,使得可以在R中完全在本地运行Web应用程序UI。epivizr
包装实现了双向通信r/bioconductor
计算基因组学环境和eviviz
。对象r
会话可以显示为Epiviz上的曲目或图。EPIVIZR使用Websocket进行浏览器JavaScript客户端与R Environmen之间的通信,这是流行的相同技术闪亮的用于在R中创作基于互动Web的报告的系统。请参阅epivizr
软件包Vignette以获取有关如何与Epiviz JS应用交互的更多信息。
将Expiviz可视化应用程序作为独立的应用程序,可以使用生物导体基础架构浏览任何感兴趣的基因组。例如,要浏览小鼠基因组,我们将进行以下操作。
库(epivizrstandstalone)库(mus.musculus)app <-StartStandStandalOne(mus.musculus,keep_seqlevels = paste0(“ chr”,c(1:19,“ x”,“ x”,“ y”)),verbose = true,true,use_viewer_option = true true = true)
还有一个基于电子平台的Expiviz桌面应用程序:http://epiviz.org。此软件包允许epivizr
会话连接到桌面应用程序槽StartStandStandSalOneApp
功能。例如,我们可以使用Epiviz桌面应用程序启动基因组浏览器:
库(EPIVIZRSTANDALONE)库(mus.musculus)app <-StartStandStandAnstanAloneApp(mus.musculus,keep_seqlevels = paste0(“ chr”,c(1:19,“ x”,“ y”)),verbose = true)
app $ stop_app()