HLA和KIR等位基因数据库包IPD IMGT / HLA|Github而且IPD吉珥|Github数据库。
参考:
Robinson J, Maccari G, Marsh SGE, Walter L, Blokhuis J, Bimber B, Parham P, De Groot NG, Bontrop RE, Guethlein LA和Hammond JA
非人类物种的命名法
免疫遗传学(2018)，正在筹备中
这个包包含来自IPD数据库的所有信息。对于HLA，这仅限于HLA- a， -B， -C， -DPB1， -DQB1和-DRB1。
对于不知道全长的等位基因，也存储最接近的全长等位基因。
数据存储在一个SQLite数据库中，它与Bioconductor的数据库包规则兼容选择方法包括列，keytypes而且键．
此外，还实现了一些辅助函数来获取所有包含的基因座、基因座的所有等位基因、等位基因的序列以及等位基因全长中最接近的等位基因的序列。
图书馆(ipdDb)hla < -loadHlaData（）##获取数据库中存储的所有lociavailable_loci < -hla＄getLoci（）获取一个位点的所有等位基因等位基因< -hla＄getAlleles(available_loci [1])等位基因< -hla＄getAlleles（“于”）获取一堆等位基因的所有序列作为DNAStringSet序列< -hla＄getReference(等位基因)序列< -hla＄getReference（c（“于* 01:01:01:01”，“于* 01:01:01:03”）)获取一个等位基因的最接近的完整引用作为DNAStringSetclosest_complete < -hla＄getClosestComplete(等位基因1])closest_complete < -hla＄getClosestComplete（“于* 01:01:01:01”）获取一堆等位基因的基因结构作为GRanges对象结构< -hla＄getStructure(等位基因)结构< -hla＄getStructure（c（“于* 01:01:01:01”，“于* 01:01:01:03”）)