安装模因

请参阅包装网站的完整插图

Bioconductor构建系统没有安装MEME套件,因此这些小插图将不包含任何R输出。要查看完整的小插图,请访问meme网站上的文章页面在此链接

简介

memes是一个R接口MEME套件家族的工具,它提供了几个实用工具,用于对DNA, RNA和蛋白质序列进行motif分析。它的工作原理是检测MEME套件的本地安装,运行命令,然后将结果直接导入R。

安装MEME套件

的本地安装MEME套件.有关MEME套件的安装说明,请参见MEME套件安装指南

简单地说,MEME套件可以安装到默认位置(meme ~ / /)在Linux、MacOS、Cygwin和Windows Linux子系统上使用以下shell命令:

有关其他故障排除或了解有关安装配置的更多信息,请参阅安装指南

检测MEME套件

模因需要知道的位置meme / bin /目录。您可以通过4种方式告诉MEME安装的MEME套件的位置。如果是有效路径,模因总是倾向于更具体的定义。以下是它们从最具体到最不具体的排名:

  1. 手动将安装路径传递到meme_path所有模因函数的参数
  2. 使用选项(meme_bin = "/path/to/meme/bin/")在你的R脚本里
  3. 设置MEME_BIN = /道路/ / meme / bin /在你的.Renviron文件,或者出口MEME_BIN = /道路/ / meme / bin在你的~ / . bashrc
  4. memes将尝试默认的MEME安装位置meme ~ / / bin /

如果meme未能检测到您在指定位置的安装,它将退回到下一个选项。

验证模因可以检测您的模因安装、使用check_meme_install ()它使用上面的搜索分层来查找有效的MEME安装。它将报告是否缺少任何工具,并打印它看到的MEME路径。这对于解决安装中的问题很有用。

常见问题

我得到以下错误:安装包' R。Oo '有非零退出状态

会话信息

sessionInfo()