# #——回声= FALSE,结果=“隐藏”,消息= FALSE ------------------------------- 需要(knitr)美元opts_chunk组(错误= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE) # #——风格,呼应= FALSE,结果= '飞机 '---------------------------------------- BiocStyle:减价 () ## ---- loadlib、消息= FALSE警告= FALSE ----------------------------------- 库(FlowSorted.Blood.450k)库(methylCC)图书馆(minfi)图书馆(tidyr)图书馆(dplyr)图书馆(ggplot2) # #——数据加载,消息= FALSE ------------------------------------------------- # 表型信息样本头(pData (FlowSorted.Blood.450k)) # RGChannelSet rgset < - FlowSorted.Blood。450 k [, pData (FlowSorted.Blood.450k)美元CellTypeLong % %”全血 "] ## ---- run-estimatecc1、消息= FALSE ------------------------------------------- set.seed(12345)美国东部时间< - estimatecc(对象= rgset) # #——run-estimatecc-summaries ------------------------------------------------- cell_counts (est) # #——run-minfi-estimateCellCounts --------------------------------------------- sampleNames (rgset) < - paste0(“样本”,1:6) est_minfi <- minfi::estimateCellCounts(rgset) est_minfi ## ----compare-estimates-------------------------------------------------------- df_minfi = gather(cbind("samples" = rownames(cell_counts(est))， as.data.frame(est_minfi))， celltype, est， -samples) df_methylCC = gather(cbind("samples" = rownames(cell_counts(est))， cell_counts(est))， celltype, est， -samples) dfcombined <- full_join(df_minfi, df_methylCC, by = c("samples"， "celltype")) ggplot(dfcombined, aes(x=est))x, y = est.y颜色= celltype) + geom_point () + xlim (0,1) + ylim (0,1) + geom_abline(拦截= 0,斜率= 1)+ xlab(“使用minfi:: estimateCellCounts ()) + ylab(“使用methylCC:: estimatecc()) +实验室(title =“比较细胞成分估计 ") ## ---- sessionInfo,结果= '标记 '-------------------------------------------- sessionInfo ()