内容

1概述

miRBaseConverter是一个R/Bioconductor包转换和检索mirna的定义(名称，接入，序列，家族和其他)在不同的miRBase版本(从miRBase版本6到版本22[最新版本])。一个微小的内置数据库被嵌入miRBaseConverterR包用于高效检索miRNA信息。

小分子核糖核酸(microrna)是在转录后基因调控中起重要作用的必需分子之一。近十年来，关于新型miRNA及其功能发现的研究呈爆炸式增长。的miRBase数据库是所有物种的miRNA注释和序列的权威存档。随着miRNA研究的发展，miRNA的注释发生了很大的变化，发展出许多不同的历史版本。以前的每个版本都被许多研究文献和数据库所采用。由于miRNA的命名注释不一致，给后来的学者方便地重用前人的研究成果带来了障碍，特别是对于数千条的miRNA数据库。有一些网络服务器或基于r的工具可以处理miRNA名称的批量转换。然而，一种易于使用且记录良好的miRNA转换和信息检索工具仍然缺乏。我们展示miRBaseConverterR软件包是miRNA研究的综合工具，提供了一套miRNA Name, Accession, Sequence, version以及家族和历史信息的查询工具。的miRBaseConverter包可以胜任所有物种，包括miRBase中定义的前体和成熟miRNAs。

此外，我们还为该软件包开发了一个具有交互式界面的在线应用程序http://nugget.unisa.edu.au:3838/miRBaseConverter或
https://taoshengxu.shinyapps.io/miRBaseConverter/．

类中包含的函数的详细用法miRBaseConverter包中。

2miRNA版本检查

对于没有版本信息的miRNA名称列表，用户可能需要检查最可能的miRBase版本。miRBaseConverter包提供了一个易于使用的功能checkMiRNAVersion ()用一个简单的结果来解决这个问题。

$miRNA_Name version= checkmirnanaversion (mirnaname, mirnaname, mirnaname)verbose = TRUE)比例推荐# # 1 # #版本v6 12.33% # # # # # # 3 v8 18.83% 2 v7_1 18.67% 4 v8_1 20.33% # # # # # # 6 v9 22% 5 v8_2 20.5% 7 v9_1 26% # # # # 8 v9_2 26% 9 v10 29% # # # # # # 11 v11 32.5% 10 v10_1 29.5% 12 v12 34% # # 13 # # v13 35.33% 14第十四节# # # # 16 v16 15 v15 51.67% 45.5% 51.67% # # 17 # # 15,17 51.83% 18 v18 98.67% * * *最佳匹配的* * * # # 19第十九节# # # # 21 v21 20 v20 82.83% 90.83% 78.5% # # 22 v22 77.67%

控制台中的输出文本显示了所有miRBase版本中匹配的比例，并给出了与最高比例值匹配最好的推荐版本。该功能对大量miRNA的版本检查非常有帮助。

3.miRBase Accession与miRNA Name的转换

3．1miRBase接入miRNA名称

接入是miRBase中唯一定义miRNA的标识符。用户可以应用Accessions来检索mirna的全部信息miRBase．最常用的功能之一是从Accession中检索相应的miRNA名称。手动逐一检索miRBase对于一大块感兴趣的公司来说，这可能是一项艰巨的工作。这个函数miRNA_AccessionToName ()在miRBaseConverter包可以在很短的时间内进行高通量转换。

library(miRBaseConverter) data(miRNATest) Accessions = miRNATest$Accession ####转换为miRBase version 13中miRNA名称的接入result1 = miRNA_AccessionToName(Accessions,targetVersion = "v13") result1[c(341:345)，] ##接入TargetName ## 341 MIMAT0002843 hsa- mir - 520b# 342 MIMAT0001650 mtr- mir399c# 343 MIMAT0000013 cell - mir -42 ## 344 MIMAT0002885 osao - mir529a# # 345 MIMAT0011111  ####转换为miRBase版本22中对miRNA名称的接入。result2 = miRNA_AccessionToName(Accessions,targetVersion = "v22") result2[c(341:345)，] ##接入TargetName ## 341 MIMAT0002843 hsa-miR-520b-3p ## 342 MIMAT0001650 m - mir399c ## 343 MIMAT0000013 cell - mir -42-3p ## 344 MIMAT0002885 osao - mir529a ## 345 MIMAT0011111 m - mir169b

3.2miRNA名称到miRBase接入

从miRNA Name到Accession的转换是一个回归过程。由于不同版本的miRNA名称频繁变化，在大多数文献和数据库中，研究都可能采用miRBase Accessions作为标识符。

library(miRBaseConverter) data(miRNATest) miRNANames = miRNATest$miRNA_Name result1 = miRNA_NameToAccession(miRNANames,version = "v18") result1[c(341:345)，] ## miRNAName_v18 Accession ## 341 hsa-miR-520b MIMAT0002843 ## 342 m - mir399c MIMAT0001650 ## 343 cell - mir -42-3p MIMAT0000013 ## 344 osa-miR529a MIMAT0002885 ## 345 m - mir169j MIMAT0011111

4两个不同miRBase版本之间miRNA名称的转换

在miRBaseConverter包，有两种方式进行miRNA名称在两个不同的miRBase版本之间的转换。

4．1方案1:全局搜索和匹配

miRBaseConverter包提供miRNAVersionConvert ()功能检测所有miRBase历史版本中具有相同接入的所有匹配miRNA名称。转换结果可能与某些mirna的唯一名称不匹配，但它对于感兴趣的mirna的所有可能的信息检索是有用的。

library(miRBaseConverter) data(miRNATest) miRNANames = miRNATest$miRNA_Name result1 = miRNAVersionConvert(miRNANames,targetVersion = "v13"，exact = TRUE) ## ******************************************** ##多个匹配的mirna如下所示:##原始版本v13接入## 1 hsa-let-7c hsa-let-7c&hsa-let-7c MI0000064&MIMAT0000064 ## 2 cell - lcy -6 cell - lcy -6& cell - lcy -6 MI0000801&MIMAT0000749 result1[c(341:345)，] ## OriginalName TargetName接入## 341 hsa-miR-520b hsa-miR-520b MIMAT0002843 ## 342 mir - mir399c mir - mir399c MIMAT0001650 ## 343 cell - mir -42-3p cell - mir -42 MIMAT0000013 ## 344 osa-miR529a osa-miR529a MIMAT0002885 # 345 mir - mir169j   result2 = miRNAVersionConvert(miRNANames,targetVersion = "v20"，exact = TRUE) ##******************************************** ## ##多个匹配的mirna列表如下:##原始版本v20接入## 1 cell -lsy-6 cell -lsy-6& cell -lsy-6 MI0000801&MIMAT0000749 result2[c(341:345)，] ## OriginalName TargetName接入## 341 hsa-miR-520b hsa-miR-520b MIMAT0002843 ## 342 mir - mir399c mir - mir399c MIMAT0001650 # 343 cell - mir -42-3p cell - mir -42-3p MIMAT0000013 ## 344 osa-miR529a osa-miR529a MIMAT0002885 ## 345 m - mir169j m - mir169j MIMAT0013321

4.2解决方案2:miRNA名称转换分为三步

miRBase接入可以作为一个桥梁，在两个不同的miRBase版本之间精确匹配miRNA名称。对于一组miRNA name，用户可以应用该功能checkMiRNAVersion ()首先检查可能的miRNA版本。然后使用该函数将带有版本信息的miRNA名称映射到接入信息miRNA_NameToAccession ()．在最后一步中，接入可以很容易地映射到目标版本中的miRNA名称。与全局搜索匹配相比，该方法能得到更精确的结果。
［checkMiRNAVersion ()->miRNA_NameToAccession ()->miRNA_AccessionToName ()］

library(miRBaseConverter) data(miRNATest) miRNANames = miRNATest$miRNA_Name ####步骤1。检查miRNAs数据的可能版本(miRNATest) miRNANames = miRNATest$miRNA_Name version= checkmirnanaversion (miRNANames, verbose = FALSE) ####步骤2。miRNANames to miRBase accessessions with specific version information result1 = miRNA_NameToAccession(miRNANames,version = version) ####步骤3。目标版本名称result2 = miRNA_AccessionToName(result1[，2]，targetVersion = "v22") result2[c(341:345)，] ##接入TargetName ## 341 MIMAT0002843 hsa-miR-520b-3p ## 342 MIMAT0001650 m - mir399c ## 343 MIMAT0000013 cell - mir -42-3p ## 344 MIMAT0002885 osao - mir529a ## 345 MIMAT0011111 m - mir169b

5前体miRNA与成熟miRNA之间的转换

前体miRNA约为70mer RNA，具有茎环，形成发夹状结构。茎环的5 ' UTR和/或3 ' UTR可以被dicer切割，生成一个或两个成熟的mirna(约22个核苷酸)。在miRBaseConverter包中，我们提供前体与成熟miRNAs之间的转换功能。

5.1成熟miRNA到前体

输入miRNA版本信息:miRBase v18 head(result1) ##原名称前体## 1细胞-mir-46 -3p细胞-mir-46 ## 2细胞-mir-81 -3p细胞-mir-81 ## 3细胞-mir-1817细胞-mir-1817 ## 4 hsa-miR-196a-5p hsa-mir-196a-1 ## 5 mm -mir-149 -5p mm -mir-149 ## 6 m - mir166d m - mir166d

5.2成熟miRNA的前体

miRNANames=c(“pma-mir-100a”，“sko-mir-92a”，“hsa-mir-6131”，“mtr-MIR2655i”，“mmu-mir-153”，“mtr-MIR2592am”，“mml-mir-1239”，“xtr-mir-128-2”，“oan-mir-100”，“mmu-mir-378b”，“hsa-miR-508-5p”，“mmu-miR-434-3p”)result2=miRNA_PrecursorToMature(miRNANames) ##输入miRNA版本信息:miRBase v22 head(result2) ## 1 pma-mir-100a pma-mir-100a -5p pma-mir-100a -3p ## 2 sko-mir-92a sko-mir-92a sko-mir-92a  ## 3 hsa-mir-6131 hsa-mir-6131  ## 4 mtr-MIR2655i mtr-MIR2655i  ## 5 mmm -mir-153 mmu-mir-153 -5p mmr -mir-153 -3p ## 6 mtr-MIR2592am mtr-MIR2592am

6检索mirna的Family类别

mirna采用单链手工分类方法，根据BLAST命中对前体序列进行聚类，并通过多序列比对手动调整聚类家族miRBase．科分类是基于每个表示序列的科的共同祖先。通常，来自同一家族的miRNAs在细胞代谢中可能具有相似的生理功能。在miRBaseConverter包，功能checkMiRNAFamily ()是专为检索miRNA家族信息而设计的。它可以用于检索miRNA家族和家族接入列表的miRNA。

miRNAName_v21家族接入家族## 1 MIMAT0000017细胞- mir-46 -3p MIPF0000087 mir-46 ## 2 MIMAT0000054细胞- mir-81 -3p MIPF0000154 mir-81 ## 3 MIMAT0006584细胞- mir- 1817   ## 4 MIMAT0000226 hsa-miR-196a-5p MIPF0000031 mir-196 ## 5 MIMAT0000159 mmu-miR-149-5p MIPF0000274 mir-149 ## 6 MIMAT0011068 m - mir166d MIPF0000004 MIR166##输入是miRNA名称miRNANames=miRNATest$miRNA_Name version=checkMiRNAVersion(miRNANames,verbose = FALSE) result=miRNA_NameToAccession(miRNANames,version=version) Accessions=result$Accession Family_Info2=checkMiRNAFamily(Accessions) head(Family_Info2) ##接入miRNAName_v21 family接入家族## 1 MIMAT0000017细胞- mir-46 -3p MIPF0000087 mir-46 ## 2 MIMAT0000054细胞- mir-81 -3p MIPF0000154 mir-81 ## 3 MIMAT0006584细胞- mir- 1817   ## 4 MIMAT0000226 hsa-miR-196a-5p MIPF0000031mir-196 ## 5 MIMAT0000159 mm - mir-149 -5p MIPF0000274 mir-149 ## 6 MIMAT0011068 m - mir166d MIPF0000004 MIR166

7检索miRBase中详细的miRNA信息

7.1检索miRNAs序列

在基因调控研究中，miRNA序列对碱基比对具有重要意义。在miRBaseConverter包，我们提供了一个高效的工具批量检索基于接入的miRNAs序列。这将有助于mirna与其靶分子之间序列比对的自动化分析。

图书馆(miRBaseConverter)数据(miRNATest)到达= miRNATest加入美元result1 = getMiRNASequence编写此表达式(登记入册,targetVersion =“v13”)负责人(result1)编写此表达式# # 1 # #入世miRNASequence_v13 MIMAT0000017 UGUCAUGGAGUCGCUCUCUUCA # # 2 MIMAT0000054 UGAGAUCAUCGUGAAAGCUAGU # # 3 MIMAT0006584 UAGCCAAUGUCUUCUCUAUCAUG # # 4 MIMAT0000226 UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG # # 5 MIMAT0000159 UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCCC # # 6 MIMAT0011068 < NA > result2 = getMiRNASequence(登记入册,targetVersion =“v22”)负责人(result2) # #加入1 MIMAT0000017 ugugugugugugugucucucucucucucucucuccccc ## 2 MIMAT0000054 ugagaucaucgugaaagucucucucucucucucaug ## 3 MIMAT0006584 uagccaaugucucucucucucucaug ## 4 MIMAT0000226 uagguguucucucucucucuccccc ## 5 MIMAT0000159 ucugugucucucucuccccc ## 6 MIMAT0011068 ucgggccaggcuucucuccccc ##

7.2检索所有miRBase版本信息

目前，最新的miRBase第22版于2018年3月发布。在miRBaseConverter包中，我们实现了查询功能，查询从miRBase版本1到版本22的所有miRBase版本信息。返回的信息包括已定义的版本名称、发布日期、已定义的miRNAs数量(条目包括Precursors和Mature miRNAs)以及可用状态miRBaseConverter包中。

library(miRBaseConverter) getAllVersionInfo() ##版本日期状态发夹。前体成熟物种# # 1 v1 12/2002用时218 NA NA # # 2 v1_1 01/2003用时262 NA NA # # 3 v1_2 04/2003用时295 NA NA # # 4 v1_3 05/2003用时332 NA NA # # 5 v1_4 07/2003用时345 NA NA # # 6 v2 07/2003用时506 NA NA # # 7 v2_1 09/2003用时558 NA NA # # 8 v2_2 11/2003用时593 NA NA # # 9 v3 01/2004用时719 NA NA # # 10 v3_1 04/2004用时899 NA NA v4 07/2004用时1185 NA NA # # # 11 # 12 v5 09/2004用时1345 NANA # # 13 v5_1用时1420 NA NA # # 14 v6 04/2005 12/2004 1650 1591 21 # # 15 v7 06/2005可用不可用2909 NA NA # # 16 v7_1 10/2005可用3424 3102 40 # # 17 v8 02/2006 3518 3229 41 # # 18 v8_1 05/2006 3963 3685 44 # # 19 v8_2 07/2006 4039 3834 45 # # 20 v9 10/2006 4361 4167 49 # # 21 v9_1 02/2007 4449 4274 49 # # 22 v9_2 05/2007 4584 4430 55 # # 23 v10 08/2007 5071 4922 58 # # 24 v10_1 12/2007 5395 5234 66# # 25 v11 04/2008可用6396 6211 72 # # 26 v12 09/2008可用8619 8273 87 # # 27 v13 03/2009 9539 9169 103 # # 28发掘可用09/2009可用10883 10581 115 # # 29 v15 04/2010 14197 15632 133 # # 30 v16 08/2010 15172 17341 142 # # 31 15,17 04/2011 16772 19724 153 # # 32 v18 11/2011 18226 21643 168 # # 33第十九节08/2012可用21264 25141 193 # # 34 v20 06/2013可用24521 30424 206 # # 35 v21 06/2014 28645 35828 223 # # 36 v22 03/2018可用38589 48885 271

7.3检索miRBase中所有可用的物种

miRBase已经定义了数百个物种的mirna。在miRBaseConverter包，用户可以应用的功能getAllSpecies ()检查可用物种的缩写和全名。

library(miRBaseConverter) allSpecies=getAllSpecies() head(allSpecies) ##物种分区名称树NCBI-taxid ## 1 aququ aqu两栖类昆士兰后生动物;2 nve vectensis后生线虫;刺胞;45351 ## 3 hma hma magnipapillata Metazoa;刺胞;6085 ## 4 sko sko Saccoglossus kowalevskii后生动物;双侧;后口造口;1024 ## 5 spu spu紫癜圆口线虫后生动物;双侧动物;后口动物;棘皮动物;6 cin后生Ciona肠道动物;双侧;后口造口;脊索;7719

7.4检索指定miRBase版本中所有可用的mirna

在miRBaseConverter包，功能getAllMiRNAs ()可用于获取每个可用miRBase版本中定义的所有mirna。同时，用户可以通过控制参数自定义输出中的物种和miRNA类型。

library(miRBaseConverter) miRNAs=getAllMiRNAs(version="v22"， type="all"，品种="hsa")头(mirna) ##接入名称序列## 1 MI0000060 hsa-let-7a-1 ugggauagguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguguuuuccucuucuccu# # 2 MI0000061 hsa-let-7a-2 agguguguguguguguuuuuauauacucuccu# # 3 MIMAT0010195 hsa-let-7a-2-3p cucguacagcucucucuccu# # 5 MIMAT0004481 hsa-let-7a-3p cuauacaaucuacugucucucucucuc# # 6 MIMAT0000062hsa-let-7a-5p UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU

7．5检索单个miRNA的所有历史信息

在某些应用中，用户可能希望对一个miRNA的名称、接入、序列、前体和成熟miRNA信息进行全面的调查。的miRBaseConverter包嵌入了一个有用的函数getMiRNAHistory ()检索所有miRBase历史版本的所有详细miRNA信息。用户可以获得miRNA的全面概述。

# # # # 1。输入是一个microrna的名字Name = " hsa-miR-26b-5p result1 = miRNA_NameToAccession编写此表达式(名字)加入= result1 $入世result2 = getMiRNAHistory编写此表达式(加入)result2 # #前体PrecursorSequence Mature1 Mature1Sequence Mature2 Mature2Sequence状态# # v6 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-mir-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA >不变# # v7_1 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGGhsa-miR-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA > < NA > # # v8 hsa-miR-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA >不变# # v8_1 hsa-miR-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA >不变# # v8_2 hsa-miR-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA >不变的# # v9 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-mir-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA >不变# # v9_1 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-mir-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA >不变# # v9_2 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-mir-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU < NA > < NA > # # v10 hsa-mir-26b不变ccgggacccaguaaguagugugugugugugugugugugugugugucuccucgg hxa -mir-26b ccgggacccaguaaguaauucagaguaauucaggugugugugugugugucuccucggaccgg hxa -mir-26b ccgggacccaguaauucaggauaggu hxa -mir-26b ccgggacccaguaauucaggauaggu hxa -mir-26b ccgggacccaguaauucaggauaggu hxa -mir-26b ccgggaccccuccuccuccucggaccgg hxa -mir-26b ccgggaccccuccuccuccucggaccgg hxa -mir-26bv13 hra -mir-26b ccgggaccccgugugugugugugugugugugugugugugugugugugugugugugucuccuccucggaccuccuccuccuccucgg hra -mir-26b ccgggacccguguguguguguguguguguguguguccuccuccuccuccucgg hra -mir-26b ccgggacccguguguguguguguguguguguguccuccuccuccucggaccgg hra -mir-26b ccgggacccguguguguguguguguguguguguguccuccuccuccucggaccgg hra -mir-26bv16 hsa-miR-26b ccgggacccaguaaguagugugugugugugugugucucccuccucggaccgg hsa-miR-26b ccgggacccaguaaguaaguaauucaggauaggu hsa-miR-26b ccgggacccaguaaguaauucaggauaggu hsa-miR-26b ccgggaccccuccuccuccucggaccgg hsa-miR-26b ccgggaccccuccuccuccucggaccgg hsa-miR-26bCCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGU hsa-miR-26b * CCUGUUCUCCAUUACUUGGCUC不变# # v18 hsa-miR-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b-5p UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGU hsa-miR-26b-3p CCUGUUCUCCAUUACUUGGCUC不变# #第十九节hsa-miR-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b-5p UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGU hsa-miR-26b-3pCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUC不变# # v20 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b-5p UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGU hsa-miR-26b-3p CCUGUUCUCCAUUACUUGGCUC不变# # v21 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGG hsa-miR-26b-5p UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGU hsa-miR-26b-3p CCUGUUCUCCAUUACUUGGCUC不变# # v22 hsa-mir-26b CCGGGACCCAGUUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUUGUGUGCUGUCCAGCCUGUUCUCCAUUACUUGGCUCGGGGACCGGhsa-miR-26b-3p CCUGUUCUCCAUUACUUGGCU不变
# # # # 2。输入是miRNA接入Id接入= "MIMAT0000765" result3 = getMiRNAHistory(接入)result3 ##前体前体序列Mature1 Mature1Sequence Mature2 Mature2Sequence状态## v6 hsa-mir-335 uguuuugagcgggggucaagagagcaauaacgaaaauguuuauauugucauauauauauauauauu  不变## v7_1 hsa-mir-335 uguuuugagcgggggucaaugugcauaaccgaauauauucahsa -mir-335UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU < NA > < NA > < NA > # # v8 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU < NA > < NA >不变# # v8_1 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU < NA > < NA > # # v8_2 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA不变hsa-miR-335 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU  不变## v9_2 hsa-miR-335 uguuuugagcggggg - UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU  不变## v9_2 hsa-miR-335 uguuuugagcggggg - ucaagagcaauaacgaaaauauauu - hsa-miR-335 ucaagagcaauaacgaaaauauu - hsa-miR-335 ucaagagcaauaacgaaaauauu - hsa-miR-335 ucaagagcaauaacgaaaauauu - hsa-miR-335 ucaagagcaauaacgaaaauauu - hsa-miR-335 ucaagagcaauaacgaaaauauu - NA> 不变## v9_2 hsa-miR-335UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU < NA > < NA >不变# # v10 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU hsa - mir - 335 * UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC不变# # v10_1 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUhsa-miR-335* uuuuugugugugugcuccucucacc未改变## v13 hsa-miR-335谷鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠鸠17号hsa-miR-335号haa -mir-335号haa -mir-335号haa -mir-335号haa -mir-335号haa -mir-335号haa -mir-335号haa -mir-335号haa -mir-335UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 - 5 - p UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU hsa - mir - 335 - 3 - p UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC不变# #第十九节hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 - 5 - p UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU hsa - mir - 335 - 3 - p UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC不变# # v20 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCAhsa - mir - 335 - 5 - p UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU hsa - mir - 335 - 3 - p UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC不变# # v21 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 - 5 - p UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU hsa - mir - 335 - 3 - p UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC不变# # v22 hsa - mir - 335 UGUUUUGAGCGGGGGUCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGUUUGUCAUAAACCGUUUUUCAUUAUUGCUCCUGACCUCCUCUCAUUUGCUAUAUUCA hsa - mir - 335 - 5 - p UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUGU hsa - mir - 335 - 3 - p UUUUUCAUUAUUGCUCCUGACC不变

7.6检索指定miRBase版本的数据表

每个miRBase版本中都有一个数据表，用于显示已定义的mirna的详细信息。在miRBaseConverter包，我们提供一个功能getMiRNATable ()返回每个miRBase版本的miRNA数据表。同时，用户可以使用控制参数自定义输出中的物种。

library(miRBaseConverter) miRNA_Tab=getMiRNATable(version="v22"，species="hsa") head(miRNA_Tab) ## Precursor_Acc前体Status Precursor_Seq Mature1_Acc Mature1 Mature1_Seq Mature2_Acc Mature2_Acc Mature2 Mature2_Seq ## 58 MI0000060 hsa-let-7a-1 UNCHANGED ugggaugaguaguaguguguuguauguuuuuuaggucacaccacucucuccua MIMAT0000062 hsa-let-7a-3p cuauacaaucuacugugauaguaguu MIMAT0004481 hsa-let-7a-3p cuauacaaucuacugugucuuucucuc ## 59 MI0000061 hsa-let-7a-2 UNCHANGEDMIMAT0000062 hsa-let-7a-5p gugugugugucuccuccucucucu MIMAT0010195 hsa-let-7a-2-3p cuguguagcuccuccucucucucu MIMAT0000062 hsa-let-7a-5p ugagguguguguugugugucuccumimat0000082 hsa-let-7b-3p cuauacaacacacugguguguguguguguguguguguguguucagc MI0000064 hsa-let-7c-5p MIMAT0000064 hsa-let-7c-3pMIMAT0000065 hsa-let-7d-5p agagguaguguugcaucuuucu MIMAT0004484 hsa-let-7d-3p cuauacgaccugcucgcucuuucu

8miRNA信息的在线检索

8.1在miRBase中打开miRNA网页

在miRBaseConverter包，功能goTo_miRBase ()将用户重定向到指定mirna的miRBase页面。

library(miRBaseConverter) Accessions=miRNATest$Accession[1:10] goTo_miRBase(Accessions)

8.2在miRBase中打开miRNA家族网页

在miRBaseConverter包，功能goTo_miRNAFamily ()将用户重定向到某些指定miRNA家族的miRBase miRNA家族网页。

library(miRBaseConverter) Accessions=miRNATest$Accession Family_Info=checkMiRNAFamily(Accessions) FamilyAccessions=Family_Info$FamilyAccession[1:15] goTo_miRNAFamily(FamilyAccessions)

9结论

R/Bioconductor包miRBaseConverter提供了一套工具，用于检查不同miRBase版本的miRNA名称，接入，序列，物种，版本，历史和家族信息。我们希望miRBaseConverter该软件包可能是miRNA研究界的有用工具，有助于加快miRNA的研究。

10参考文献

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Kozomara, Ana和Sam griffith - jones。“miRBase:集成microRNA注释和深度测序数据。”核酸研究(2010):gkq1027。

[3] griffith - jones, Sam等，“miRBase: microRNA基因组学的工具。”核酸研究36。增刊1 (2008):D154-D158。

[4] griffith - jones, Sam等，“miRBase: microRNA序列，靶标和基因命名法。”核酸研究增刊1 (2006):D140-D144。

[5]丁建东，周水庚，关继红。“miRFam:一种基于n-grams和多类SVM的有效的miRNA自动分类方法。”BMC生物信息学12.1(2011):216。

[6] Zou, Quan等。“mirclassification:一种用于miRNA家族分类和注释的高级web服务器。”生物与医学计算机45(2014):157-160。