### R代码来自Vignette Source'Muscle-Vignette.rnw'############################################################# ###代码块编号1：Muscle-Vignette.rnw：64-65 #############################################################################################.rnw：70-71 ######################## umax ########################################################## ###代码块数字3：Muscle-Vignette.rnw：76-77 ##########################################################################################-83 ############################# aln ########################################################## ###代码块编号5：Muscle-Vignette.RNW：88-90 ##################################################################- readdnastringset（file.path，format =“ fasta”）#############################＃##代码块数字6：Muscle-Vignette.RNW：95-96 ####################################################################################################### ################################################### ### code chunk number 8: muscle-vignette.Rnw:115-116 ################################################### aln <- muscle(umax, gapopen = -30) ################################################### ### code chunk number 9: muscle-vignette.Rnw:121-122 ################################################### aln <- muscle(umax, quiet = TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: muscle-vignette.Rnw:127-128 ################################################### aln <- muscle(umax, maxhours = 24.0) ################################################### ### code chunk number 11: muscle-vignette.Rnw:139-140 ################################################### sessionInfo()