# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组()# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组(和合= TRUE) # #——回声= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -选项(宽度= 65)set.seed图书馆(panelcn.mops) panelcn (0)。mopsVersion < - packageDescription (panelcn.mops) $ # #版本——回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(panelcn.mops)数据(panelcn.mops) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - <——“Genes_part #床。床上“# countWindows < - getWindows(床)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # testbam <——“SAMPLE1。bam“#测试< - countBamListInGRanges (countWindows = countWindows # bam。文件= testbam,阅读。宽度= 150)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # selectedGenes < - c (ATM) # # XandCB < -测试# elementMetadata (XandCB) < - cbind (elementMetadata (XandCB), # elementMetadata(控制))# # resultlist <——runPanelcnMops (XandCB # testiv = 1: ncol (elementMetadata(测试),# countWindows = countWindows selectedGenes = selectedGenes) # # # - - - - -呼应= FALSE,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - XandCB < -测试elementMetadata (XandCB) < - cbind (elementMetadata (XandCB) elementMetadata(控制))selectedGenes < -“取款机”# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sampleNames < - colnames (elementMetadata(测试))resulttable < - createResultTable (resultlist = resultlist XandCB = XandCB countWindows = countWindows selectedGenes = selectedGenes sampleNames = sampleNames)(尾(resulttable [[1]])) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotBoxplot(结果= resultlist [[1]], sampleName = sampleNames [1], # countWindows = countWindows # selectedGenes = selectedGenes showGene = 1) # #——无花果。保持= '没有',回声= FALSE,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - sampleNames < - colnames (elementMetadata(测试))selectedGenes < -“取款机”pdf (001。pdf”,宽度= 10)plotBoxplot(结果= resultlist [[1]], sampleName = sampleNames [1], countWindows = countWindows selectedGenes = selectedGenes showGene = 1) dev.off() # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -床< -执行(“extdata / Genes_part。床”,包= " panelcn.mops”) countWindows < - getWindows(床)# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -床< -执行(“extdata / Genes_part。床”,包= " panelcn.mops”) write.table(头(read.table(床)),row.names = FALSE, col.names = FALSE,引用= FALSE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # testbam <——“SAMPLE1。bam“#测试< - countBamListInGRanges (countWindows = countWindows # bam。文件= testbam,阅读。宽度= 150)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -(测试)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # splitROIs(床,“newBed.bed”) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # selectedGenes < -“取款机”# # XandCB < -测试# elementMetadata (XandCB) < - cbind (elementMetadata (XandCB), # elementMetadata(控制))# resultlist < - runPanelcnMops (XandCB、countWindows = countWindows # selectedGenes = selectedGenes) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # (str (resultlist [[1]])) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -帮助(CNVDetectionResult) # # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - integerCopyNumber (resultlist [[1]]) [1:5] # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sampleNames < - colnames (elementMetadata(测试))resulttable < - createResultTable (resultlist = resultlist XandCB = XandCB countWindows = countWindows selectedGenes = selectedGenes sampleNames = sampleNames)(尾(resulttable [[1]])) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotBoxplot(结果= resultlist [[1]], sampleName = sampleNames [1], # countWindows = countWindows # selectedGenes = selectedGenes showGene = 1) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # toBibtex(引用(“panelcn.mops”))