### R代码从vignette源'plethy。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:style-Sweave ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:plethy。Rnw: 32-33 ################################################### stopifnot(要求(plethy )) ################################################### ### 代码块3号:plethy。Rnw: 36-42 ################################################### file.name < - buxco.sample.data.path()块。db.name <- file.path(tempdir()， "bux_test.db") parse.buxco(file.name=file.name, chunk. Size =chunk. name)大小、db.name = db.name verbose = FALSE ) ################################################### ### 代码块数量4:plethy。Rnw: 46-53 ################################################### bux.db < - makeBuxcoDB (db.name = db.name)样品(bux.db)变量(bux.db)表(bux.db ) ################################################### ### 代码块5号:plethy。Rnw: 57 - 62 ################################################### 数据。1 < - retrieveData (bux.db样品=“8034 x13140_1”变量=“金边”)负责人(data.1 ) ################################################### ### 代码块6号:plethy。Rnw: 66 - 73 ################################################### 数据。2 <- retrieveData(bux.db, samples=c("8034x13140_1"， "8034x13140_10")， variables=c("Penh"， "f"))1 $ Sample_Name data.1 Variable_Name美元 ) ################################################### ### 代码块7号:plethy。Rnw: 77 - 81 ################################################### = day.infer addAnnotation (bux.db,查询。addAnnotation(bux.db, query=break.type. index)查询,指数= TRUE ) ################################################### ### 代码块8号:plethy。Rnw: 85 - 89 ################################################### annoCols bux.db annoLevels (bux.db ) ################################################### ### 代码块9号:plethy。Rnw: 93 - 97 ################################################### 数据。3 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh") with(data.3, table(Days, Break_type_label)) ################################################### ### code chunk number 10: plethy.Rnw:101-110 ################################################### data.4 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh", Days = 0) with(data.4, table(Days, Break_type_label)) data.5 <- retrieveData(bux.db, samples="8034x13140_2", variables="Penh", Days = 0, Break_type_label = 'EXP') with(data.5, table(Days, Break_type_label)) ################################################### ### code chunk number 11: plethy.Rnw:115-122 ################################################### exp.penh <- retrieveData(bux.db, variables="Penh", Break_type_label = 'EXP') head(exp.penh) boxplot(Value~Sample_Name, data=exp.penh) ################################################### ### code chunk number 12: plethy.Rnw:125-129 ################################################### plot(Value~Break_sec_start, data=exp.penh, subset=Sample_Name=="8034x13140_5", type="l", xlab="Seconds past start")