# #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(psichomics)库(plyr) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppaOutput < -系统。文件(“extdata / eventsAnnotSample / suppa_output / suppaEvents”,包=“psichomics”) suppaFile < - tempfile (fileext =“.RDS”) # #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # suppaOutput < -“路径/ / SUPPA /输出”#“基因组”字符串替换为标识符之前的第#强调该目录的文件名(例如,如果你的一个#感兴趣的文件名是“hg19_A3。埃克斯波特学院”,字符串将“hg19”) suppa < - parseSuppaAnnotation (suppaOutput基因组=“hg19”) annot < - prepareAnnotationFromEvents (suppa) # suppaFile <——“suppa_hg19_annotation。RDS”saveRDS (annot、文件= suppaFile) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - matsOutput < -系统。文件(“extdata / eventsAnnotSample / mats_output / ASEvents /”,包=“psichomics”) matsFile < - tempfile(“垫”,fileext =“.RDS”) # #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # matsOutput < -“路径/ / rMATS /输出”垫<——parseMatsAnnotation (matsOutput #输出目录从rMATS基因组=“fromGTF”, #标识符的文件名novelEvents = TRUE) #解析小说的事件?annot < - prepareAnnotationFromEvents # matsFile < -“mats_hg19_annotation(垫)。RDS”saveRDS (annot、文件= matsFile) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - misoAnnotation < -系统。文件(“extdata / eventsAnnotSample / miso_annotation”,包=“psichomics”) misoFile < - tempfile(“味噌”,fileext =“.RDS”) # #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # misoAnnotation < -“路径/ /味噌/注释”味噌< - parseMisoAnnotation (misoAnnotation) annot < - prepareAnnotationFromEvents(味噌)# misoFile <——“miso_AS_annotation_hg19。RDS”saveRDS (annot、文件= misoFile) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - vastAnnotation < -系统。文件(“extdata / eventsAnnotSample / VASTDB /保险/模板/”,包=“psichomics”) vastFile < - tempfile(“巨大”,fileext =“.RDS”) # #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # vastAnnotation < -“路径/ / VASTDB / libs /模板”巨大的< - parseVastToolsAnnotation (vastAnnotation基因组=“保险公司”)annot < - prepareAnnotationFromEvents # vastFile < -“vast_AS_annotation_hg19(巨大)。RDS”saveRDS (annot、文件= vastFile) # #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - annotFile <——tempfile (fileext =“.RDS”) # #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #从SUPPA结合注释,味噌,rMATS和VAST-TOOLS annot < - prepareAnnotationFromEvents (SUPPA,巨大、垫子、味噌)# annotFile <——“AS_annotation_hg19。RDS”saveRDS (annot、文件= annotFile) # #——结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - annot < - readRDS (annotFile) #“annotFile”注释文件的路径junctionQuant < - readFile (ex_junctionQuant.RDS) #榜样psi < - quantifySplicing (annot junctionQuant) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - psi #可能有0行,因为小结量化