# #——pubmed1,在PubMed fig.cap = "精神疾病。它已经获得查询* *精神障碍[标题/文摘]从1955年到2016年* *。”,回声= FALSE, fig.wide = TRUE - - - - -库(ggplot2)数据。文件< -系统。文件(paste0 (“extdata”, .Platform $文件。9月,“psychiatricDisordersPubmed.csv”),包=“psygenet2r”) pmid < - read.delim (data.file头= TRUE, 9 =”、“) pmid < - pmid [pmid $ < & pmid 2017年> 1950年]pmid美元年< -因子(pmid年美元)标签< - as.integer (seq (1950、2016 = 5) p < - ggplot (pmid, aes (x =, y = count)) + geom_bar (stat =“身份”,填补=“灰色”)+实验室(title =“精神疾病在PubMed的出版物数量”,x =“年”,y = pmids“#”) + theme_classic () + scale_x_discrete (= as.character休息=标签,标签(标签))+主题(情节。利润=网格::单位(x = c(5 5日,15日,15),单位=“毫米”),轴。行= element_line(大小= 0.7,颜色=“黑色”),文本= element_text(大小= 14),axis.text。x = element_text(角= 45岁大小= 11,hjust = 1)) p # #——bioC, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“psyGeNET2R”) # #——load_library,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(psyGeNET2R) # #基因- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - genesOfInterest < - c (“ADCY2”、“AKAP13”、“ANK3”、“ANKS1A”、“ATP6V1G3”、“ATXN1”、“C11orf80”、“C15orf53”、“CACNA1C”、“CACNA1D”、“CACNB3”、“CROT”、“DLG2”、“DNAJB4”、“DUSP22”、“FAM155A”、“FLJ16124”、“FSTL5”、“GATA5”、“GNA14”、“GPR81”、“HHAT”、“IFI44”、“ITIH3”、“KDM5B”、“KIF1A”、“LOC150197”、“MAD1L1”、“MAPK10”、“MCM9”、“MSI2”、“NFIX”、“神经生长因子”、“NPAS3”、“ODZ4”、“PAPOLG”、“PAX1”、“叫做PBRM1”、“PTPRE”、“PTPRT”、“RASIP1”、“RIMBP2”、“RXRG”、“SGCG”、“SH3PXD2A”、“SIPA1L2”、“SNX8”、“SPERT”、“STK39”、“SYNE1”、“THSD7A”、“TNR”、“TRANK1”、“TRIM9”、“UBE2E3”、“UBR1”、“ZMIZ1”、“ZNF274”) # #——search_multiple - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - m1 <——psygenetGene(基因= genesOfInterest数据库=“所有”,详细= FALSE,警告= FALSE) m1 # #——基因-疾病,fig.height = 8, fig.width = 8, fig.cap =“基因-疾病协会网络”,fig.wide = TRUE——情节(m1) # #——gene-psy fig.cap =“根据精神病协会类型barplot类别”,fig.wide = TRUE——geneAttrPlot (m1、类型=“证据”指数)# #——豹,fig.cap =“豹类分析感兴趣的基因。”,消息= FALSE,警告= FALSE, fig.wide = TRUE——pantherGraphic (genesOfInterest,“所有”)# #——gene-disease-2 fig.cap =“基因-疾病协会的热图,fig.wide = TRUE——情节(m1、类型=“GDA的热图”)# #——pubmed2 fig.cap =“出版物报告每个基因与双相情感障碍“,fig.wide = TRUE——情节(m1, name =“双相情感障碍”,类型=“出版物”)# #——sentences1_query - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - m2 <——psygenetGeneSentences (geneList = genesOfInterest数据库=“所有”)m2 # #——sentences2_extraction,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -句子<——extractSentences (m2,障碍=“双相情感障碍”)负责人(句子PUBMED_ID美元)# #——jaccard_1,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - xx <——jaccardEstimation (genesOfInterest、“双相情感障碍”、数据库=“所有”,nboot = 500) xx # #——jaccard_2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -提取(xx) # #——jaccard_3,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - xx <——jaccardEstimation (genesOfInterest、数据库=“所有”,nboot = 500) # #——jacc, fig.cap =“Bar-plot Jaccard指数的比较感兴趣的基因的列表和PsyGeNET的疾病。”fig.wide = TRUE——情节(xx) # #——bpGenes fig.cap =“Barplot:每一个精神疾病相关的基因”,fig.wide = TRUE——geneAttrPlot (m1、类型=“疾病类别”)# #——bpDis fig.cap =”Barplot:崔和精神病学分类关联到每个基因”,fig.wide = TRUE——geneAttrPlot (m1、类型=“基因”)