1先决条件

你所需要的就是这个rWikiPathways包!如果您正在查看这个小插图，那么您可能已经安装和加载了rWikiPathways，例如，通过:

如果(!"rWikiPathways" %in% installed.packages()){if (!requireNamespace("BiocManager"， quiet =TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" rwikipaths ")}

2开始

让我们先了解一下WikiPathways包含了什么。例如，下面是如何查看维基路径目前支持的物种:

listOrganisms ()

您应该会看到列出的30个或更多物种。该列表对于后续的查询非常有用生物争论，以避免拼写错误。

接下来，让我们看看人类有多少条路径:

海关。paths <- listpaths ('Homo sapiens') hs. paths . paths .路径

呵!这是大量的信息。让我们来分解一下:

? listPathways长度(hs.pathways)

好的。帮助文档告诉我们，对于每个人类路径，我们得到了很多信息。一个简单的长度函数可能是你真正想知道的。或者如果你只对某一条信息感兴趣，看看下面这些函数:

listPathwayIds listPathwayNames ? listPathwayUrls

这些返回的简单列表只包含每个路径结果的特定信息。

最后，还有另一种查找感兴趣的路径的方法:通过Xref。Xref只是官方源代码的标准化标识符。WikiPathways依赖于BridgeDb[２]为基因、蛋白质和代谢物提供数十种Xref来源。完整榜单见https://github.com/bridgedb/datasources/blob/main/datasources.tsv

与rWikiPathways在美国，方法很简单。为感兴趣的分子取一个支持的标识符，例如，HGNC的官方基因符号“TNF”，并检查系统代码例如，HGNC = H(这来自上面链接到的datasources.txt表的第二列)，然后形成你的查询:

肿瘤坏死因子。paths <- findPathwaysByXref('TNF'，'H'

Ack !信息量很大啊。我们不仅提供路径信息，还提供搜索结果评分，以便您对结果进行排序等。同样，如果你只对wpid、名称或url感兴趣，那么有这些方便的选择，它们只返回简单的列表:

findPathwayIdsByXref findPathwayNamesByXref ? findPathwayUrlsByXref

请注意:一个简单的长度函数在这里可能会产生误导，因为如果Xref出现多次，则给定的路径将被列出多次。

3.我最喜欢的途径

此时，我们应该从上面的查询中识别出一个或多个路径。假设我们发现了' WP554 '， Ace抑制途径(https://wikipathways.org/instance/WP554)．我们将在后续查询中使用它的WPID (WP554)。

首先，我们可以获得关于路径的信息(如果我们还没有收集到):

getPathwayInfo(“WP554”)

接下来，我们可以获得路径中包含的所有xref，并将其映射到我们选择的数据源。多方便啊!我们使用相同的系统代码如上所述。例如，如果我们想要从这个途径中获得所有被列为Entrez基因的基因:

getXrefList(“WP554”、“L”)

或者，如果我们想把它们列为ensemble id，那么……

getXrefList(“WP554”、“En”)

而且，如果我们想要代谢产物、药物和其他与通路相关的小分子，那么我们只需提供化学数据库的系统代码，例如Ch (HMBD)、Ce (ChEBI)或Cs (Chemspider):

getXrefList('WP554'， 'Ch') getXrefList('WP554'， 'Ce')

它是那么容易!

4给我更多的

我们还提供了将路径作为数据文件和图像进行检索的方法。WikiPathways的原生文件格式是GPML，这是一种自定义XML规范。你可以通过…

gpml < - getPathway(“WP554”)

WikiPathways还提供存档在http://data.wikipathways.org．档案按组织和时间戳包括GPML、GMT和SVG集合。有一个R函数用于从存档中抓取文件…

downloadPathwayArchive ()

这将简单地在默认浏览器中打开存档，以便您可以四处查看(以防您不知道要查找什么)。默认情况下，它打开到最新的GPML文件集合。但是，如果您提供了一个生物体，那么它将下载该文件到您当前的工作目录或指定的目录中destpath．例如，下面是如何获取鼠标的最新GMT文件:

downloadPathwayArchive(生物=“亩所支配”,格式=“格林尼治时间”)

如果您想要指定存档日期，以便您可以在将来的任何时候轻松地共享和重新生成脚本，并获得相同的结果。记住，每个月都会有新的路径添加到WikiPathways中，现有的路径也会不断得到改进!

downloadPathwayArchive(date="20171010"，有机体="Mus musculus"， format="gmt")

5结束

这是一个概述rWikiPathways包中。查看其他小插图和包功能的完整列表:

browseVignettes (rWikiPathways)帮助(包=“rWikiPathways”)