# #——回声= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(错误= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE)图书馆(BiocStyle) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库南加州爱迪生公司(scRNAseq) < - BachMammaryData(样品=“G_1里面”)set.seed南加州爱迪生公司(1001)< -南加州爱迪生公司(、样品(ncol (sce), 1000)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库南加州爱迪生公司(天窗)< - logNormCounts (sce)库(残渣)12月< - modelGeneVar (sce) hvgs < - getTopHVGs(12月,n = 1000)图书馆(嘘)set.seed南加州爱迪生公司(1002)< - runPCA (sce ncomponents = 10, subset_row = hvgs) sce < - runTSNE (sce dimred = PCA) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed(1003)图书馆(scDblFinder)分数< computeDoubletDensity (, subset.row = hvgs) plotTSNE (sce colour_by =我(log1p(分数)))# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #完整性检查,情节有一个集群与更高的分数。#如果失败了,我们可能需要选择一个更多的示范例子。库(咆哮)集群< - clusterRows (reducedDim(,“主成分分析”),NNGraphParam ())。clust < -分(分数,集群)med.scores < - (vapp的排序。clust值0),减少= TRUE) stopifnot(地中海。分数[1]> med.scores [2] * 4) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()