与schex和仪表盘或iSEE沟通结果

设置一个简单的闪亮仪表盘或iSEE实例

如果能够动态地进行交互，查询数据通常会更容易。与包闪亮的而且shinydashboard为此目的创建一个交互式仪表板很简单。在这里，我们将使用存储在pbmc_small修拉对象(该对象可以在修拉包)。

首先，我们创建了一个六边形单元表示，并制作了一个数据帧来存储集群标签的位置。

pbmc_small < -make_hexbin(pbmc_smallnbins =10，dimension_reduction =“主成分分析”）df_label < -make_hexbin_label(pbmc_small“RNA_snn_res.0.8”）

闪亮的仪表板

现在，创建一个简单的、闪亮的仪表盘非常容易，它允许您可视化数据集中每个基因的基因表达。运行函数后，通过运行初始化应用程序应用程序。

应用< -shinyApp(服务器=函数(输入、输出){输出美元all_genes < -renderUI({selectInput(inputId =“基因”，标签=“基因”，选择=rownames(pbmc_small))})输出美元plot1 < -renderPlot({plot_hexbin_meta(pbmc_small“RNA_snn_res.0.8”，action =“大多数”，title =“集群”）+指南(填补=假）+ggrepel：：geom_label_repel(data =df_label,aes(x =x,y =y,标签=标签),颜色=“黑色”，label.size =NA，填补=NA）})输出美元plot2 < -renderPlot({plot_hexbin_feature(pbmc_small类型=输入美元类型,特点=输入美元的基因,action =输入美元行动,title =输入美元基因)})}，ui =dashboardPage(皮肤=“紫色”，dashboardHeader(),dashboardSidebar(uiOutput(“all_genes”)，radioButtons(“类型”，”类型的表情:“，c(“原始”=“计数”，“归一化”=“数据”)),radioButtons(“行动”，“使用:总结”，c(“比例不是0”=“prop_0”，“的意思是”=“的意思是”，“中值”=“中值”）))，dashboardBody(fluidRow(盒子(plotOutput(“plot1”，宽度=450，身高=400)，宽度=6)，盒子(plotOutput(“plot2”，宽度=500，身高=400)，宽度=6）)）））

一个iSEE实例

的iSEE包提供另一种生成交互式会话的方法，以便在web浏览器中查询数据。方法的对象上工作的自定义函数SummerizedExperiment类。的SingleCellExperiment类继承该类的所有特性，因此可以使用。

pbmc_small < -作为。SingleCellExperiment(pbmc_small)pbmc_small < -make_hexbin(pbmc_smallnbins =10，dimension_reduction =“主成分分析”）

plot_hexbin_gene_new < -函数(预计,行=零，rownames =字符(0)，列=零，类型=“logcounts”，action =“prop_0”) {plot_hexbin_feature(预计,类型=类型,特点=rownames,action =动作)｝

现在只需使用以下命令告诉iSEE关于schex的信息。运行函数后，通过运行初始化应用程序应用程序。

schex_plot_gene < -customDataPlotDefaults(pbmc_small1）schex_plot_gene美元函数< -“plot_hexbin_gene_new”schex_plot_gene美元参数< -“类型数\ n行动prop_0\ nrownames ODC1”schex_plot_gene美元ColumnSource < -“零”schex_plot_gene美元RowSource < -“零”schex_plot_gene美元DataBoxOpen < -真正的应用< -iSEE(pbmc_small,customDataArgs =schex_plot_gene,initialPanels =DataFrame(Name =c(“自定义数据图1”)，宽度=c(12)),customDataFun =列表(plot_hexbin_gene_new =plot_hexbin_gene_new)）

不幸的是，在iSEE应用程序中，图不能像用图一样方便地显示不同的基因shinydashboards。如果你想显示一个不同的基因，你需要编辑以下框:

例如，通过键入

类型计数动作prop_0行名CD19

您可以更改绘图来显示的表达式CD19。