# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)图书馆(ggplot2) theme_set (theme_classic()) # # - - - - -设置,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(igraph)库(schex)图书馆(TENxPBMCData)图书馆(嘘)图书馆(残渣)图书馆(ggrepel) # # - - - - -负载- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tenx_pbmc3k < - TENxPBMCData(数据集=“pbmc3k”) rownames (tenx_pbmc3k) < - uniquifyFeatureNames (rowData (tenx_pbmc3k) ENSEMBL_ID美元,rowData (tenx_pbmc3k) Symbol_TENx美元)# #——filter-cells - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -构成了rowData (tenx_pbmc3k)水户美元——< - grepl (“^ MT - rownames (tenx_pbmc3k)) colData (tenx_pbmc3k) < - cbind (colData (tenx_pbmc3k) perCellQCMetrics (tenx_pbmc3k子集=列表(太构成了rowData (tenx_pbmc3k) =水户美元)))rowData (tenx_pbmc3k) < - cbind (rowData (tenx_pbmc3k) perFeatureQCMetrics (tenx_pbmc3k)) tenx_pbmc3k < - tenx_pbmc3k [, ! colData (tenx_pbmc3k) subsets_Mt_percent > 50美元]libsize_drop < - isOutlier (tenx_pbmc3k总美元,nmads = 3,类型=“低”,日志= TRUE) feature_drop < - isOutlier (tenx_pbmc3k发现美元,nmads = 3,类型=“低”,日志= TRUE) tenx_pbmc3k < - tenx_pbmc3k [, ! (libsize_drop | feature_drop)] # #——filter-genes - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rm_ind < - calculateAverage (tenx_pbmc3k) < 0 tenx_pbmc3k < - tenx_pbmc3k [!rm_ind] # #——规范,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tenx_pbmc3k < -嘘::logNormCounts (tenx_pbmc3k) # #——暗淡的红,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tenx_pbmc3k < - runPCA (tenx_pbmc3k) set.seed (10) tenx_pbmc3k < - runUMAP (tenx_pbmc3k dimred =“主成分分析”,传播= 1,min_dist = 0.4)集群# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - snn_gr < - buildSNNGraph (tenx_pbmc3k,使用。dimred = " PCA ", < - k = 50)集群cluster_louvain (snn_gr) tenx_pbmc3k集群< -美元因素(集群成员美元)# #——calc-hexbin - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tenx_pbmc3k <——make_hexbin (tenx_pbmc3k nbins = 40 dimension_reduction =“UMAP use_dims = c (1、2) # #——plot-density fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_hexbin_density (tenx_pbmc3k) # #——plot-meta fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_hexbin_meta (tenx_pbmc3k坳=“集群”,action =“多数”)plot_hexbin_meta (tenx_pbmc3k坳=“总”,action =“中值”)# #——plot-meta-trad fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotUMAP (tenx_pbmc3k colour_by =“集群”)plotUMAP (tenx_pbmc3k colour_by =“总”)# #——plot-meta-label,消息= FALSE, fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - label_df < - make_hexbin_label (tenx_pbmc3k坳=“集群”)页<——plot_hexbin_meta (tenx_pbmc3k坳=“集群”,action =“多数”)pp + ggrepel:: geom_label_repel (data = label_df, aes (x = x, y = y,标签(标签),颜色=“黑色”标签。大小= NA,填补= NA) # #——plot-gene fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gene_id < - - - - - -“POMGNT1”plot_hexbin_feature (tenx_pbmc3k类型=“logcounts”,功能= gene_id action =“的意思是”,xlab =“UMAP1 ylab =“UMAP2”,标题= paste0(“的”,gene_id)) # #——plot-gene-trad fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotUMAP (tenx_pbmc3k by_exprs_values =“logcounts colour_by = gene_id) # #——消息= FALSE, fig.height = 7, fig.width = 7 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_hexbin_feature_plus (tenx_pbmc3k坳=“集群”,类型=“logcounts”特性=“POMGNT1 action =“的意思是”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gene_id < -“CD19 gg < - schex:: plot_hexbin_feature (tenx_pbmc3k类型=“logcounts”特性= gene_id action =“的意思是”,xlab =“UMAP1 ylab =“UMAP2”,标题= paste0(“的”,gene_id)) gg + theme_void () # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # ggsave (gg、文件=“schex_plot.pdf”)