| 情节{siggenes} | R文档 |
山姆情节的对象类。生成山姆情节或δ情节
情节(x, y, pos.stats = NULL, sig.col = 3, xlim = NULL, ylim = NULL,主要= NULL, xlab = NULL, ylab = NULL,�企业=“s”,实验室= c (10、10、7), pch = NULL, sig.cex = 1,热线= FALSE,…)
x |
山姆的对象类 |
y |
δ值(s),即一个数值或向量。如果y是一个数值,山姆将生成δ值。如果零或一个向量,δ情节,即一个可视化的表创建的总结或打印生成, |
pos.stats |
0和2之间的一个整数。如果pos.stats = 1、通用信息作为重要的基因数量和估计罗斯福为指定的值y将绘制在左上角的阴谋。如果pos.stats = 2,这些信息将被绘制在右下角。如果pos.stats = 0,没有信息将被绘制。默认情况下,pos.stats = 1如果表达式的分数d可以正面和负面,pos.stats = 2如果d只能采取积极的价值观。时将被忽略y是NULL或一个向量 |
sig.col |
一个规范的重要基因的颜色。如果sig.col长度为1,所有的点对应于重要的基因标记指定的颜色吗sig.col。如果长度(sig.col) = = 2下调的基因,即基因表达负面得分d,在指定的颜色标记sig.col[1],上调基因,即积极的基因d,在指定的颜色标记sig.col[2]。如何指定颜色的描述,请参阅?不相上下。将被忽略,如果y是NULL或一个向量 |
xlim |
数值向量长度2指定x范围(最小和最大)的阴谋。时只使用y是一个数值,即当一个山姆情节生成吗 |
ylim |
数字矢量长度2指定y情节的极限。时只使用y是一个数值 |
主要 |
字符串命名的主要情节的标题。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
xlab |
字符串命名x轴的标签。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
ylab |
字符串命名y轴的标签。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
企业 |
一个角色指定区域使用的绘图类型。“s”(默认)生成一个广场策划地区,“m”该地区最大的策划。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
实验室 |
数值向量长度为3的指定的近似数量tickmarks x轴和y轴和标签大小。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
pch |
整数指定一个符号或一个字符作为默认的绘制点。怎样的一个描述pch可以指定,看到了吗?不相上下。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
sig.cex |
一个数值给量的符号应该推广的重要基因相对于违约。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
帮助热线, |
逻辑指定如果帮助线应该卷入三角洲情节。忽略了如果y是一个数值 |
… |
山姆的情节进一步图形参数。看到plot.default ?和?不相上下。忽略了如果y是NULL或一个向量 |
山姆情节或δ情节
山姆被獠牙deveoped et al。(2001)。
! ! !有一个斯坦福大学的萨姆技术专利申请中。! ! !
Holger Schwender,holger.schw@gmx.de
獠牙,V.G.,Tibshirani, R., and Chu, G. (2001). Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response.PNAS,98,5116 - 5121。
sam.plot2,delta.plot,山姆,SAM-class
# #不运行:#包乘和数据加载Golub et al。(1999) #中包含相乘。库(乘)数据(golub) #执行山姆分析未配对的两类情况下假设#不平等的方差。sam.out <感觉(golub golub.cl, B = 100,兰特= 123)#为δ= 2生成一个山姆情节sam.plot2 (sam.out, 2) #或者生成相同的山姆阴谋情节(sam.out, 2) #生成δ情节的缺省设置增量计算山姆。delta.plot (sam.out) #生成相同的情节的另一种方式。情节(sam.out) #生成δ情节δ= 0.2,0.4,……2。情节(sam.out seq(0.2、2、0.2)) # #结束(不运行)