摘要{siggenes} R文档

SAM特定摘要方法

描述

总结了SAM分析。计算一般统计数据作为差异表达基因的数量和Delta值向量的估计FDR，或者指定了差异表达的基因的基因特异性统计量

用法

摘要（object，delta = null，n.digits = 5，what =“ ot ot”，entrez = false，bonf = false，chip =“”，file =“”，sep =“ \ t”，quote = false，dec=“。”））

参数

目的 SAM对象
三角洲 指定一个或一组三角洲的数值或向量。如果无效的或将计算为差异表达基因的数量和估计的FDR的数量。如果三角洲是否将计算上述统计数据，而且还将给出有关差异表达基因的基因特异性信息 - 请参见什么
n.Digits 一个整数指定输出中小数位数的数量
什么 “两个”，“统计”或“基因”。如果显示“统计”一般信息。如果给出了“基因”基因特异性信息。如果显示一般和基因特异性信息。如果三角洲是无效的或向量
Entrez 逻辑。如果真的Entrez链接和基因的符号都将添加到输出中
锁 逻辑。如果真的Bonferroni校正后的P值将添加到输出中
芯片 字符串命名此分析中使用的芯片类型。只需要entrez = true。如果是参数数据的SAM（数据，CL，...）已由extressionset目的芯片不必指定
文件 字符串命名应存储信息的文件。默认情况下，该信息未存储，而是显示在R窗口中。如果三角洲是无效的或向量
九月 输出时使用的字段分离器字符串文件
引用 逻辑表明角色字符串和因素是否应被双引号包围。有关详细信息，请参见？write.table
十二月 用于小数点的字符串

价值

输出概括由以下插槽组成：

row.sig.genes 指定包含差异表达基因的数据矩阵的行的数字矢量。如果 是无效的或向量，row.sig.genes>将是数字（0）
MAT.FDR 数字向量（如果三角洲是数字值）或包含一般信息的矩阵作为估计的FDR和差异表达基因的数量
Mat.sig 包含有关差异表达基因的基因特异性信息的数据框
list.args 包含参数的列表概括内部使用所需

笔记

Sam由Tusher等人开发。（2001）。

!!!斯坦福大学的SAM技术有一项专利。!!!

作者

Holger Schwender，holger.schw@gmx.de

参考

Tusher，V.G.，Tibshirani，R。和Chu，G。（2001）。用于电离辐射响应的微阵列的显着性分析。PNAS，98，5116-5121。

也可以看看

山姆，，，，山姆类，，，，打印，，，，SAM2Excel，，，，SAM2HTML