singleCellTK 2.6.0
单细胞工具包(SCTK)是一个交互式scRNA-Seq分析软件包,允许用户上传原始scRNA-Seq数矩阵和执行下游scRNA-Seq分析交互式地通过一个web界面,或者通过一组R的函数通过命令行。包是用R与图形用户界面(GUI)写在闪亮。用户可以执行分析模块进行质量控制、集群、批处理校正,微分表达式,通路富集和样本大小计算器,所有在一个简单的使用点和点击界面。工具箱还支持命令行数据处理和结果可以加载到GUI下游额外的探索和分析。
由于在SCTK可用的功能范围,我们准备了几个小插曲来帮助你开始,所有可用的https://www.camplab.net/sctk/
# # R版本4.2.0 RC (2022-04-19 r82224) # #平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)# #下运行:Ubuntu 20.04.4 LTS # # # #矩阵产品:默认# #布拉斯特区:/home/biocbuild/bbs - 3.15 - bioc / R / lib / libRblas。所以# # LAPACK: /home/biocbuild/bbs - 3.15 - bioc / R / lib / libRlapack。# # # #语言环境:# # [1]LC_CTYPE = en_US。utf - 8 LC_NUMERIC = C # #[3]而= en_GB LC_COLLATE = C # # [5] LC_MONETARY = en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。utf - 8 # # [7] LC_PAPER = en_US。utf - 8 LC_NAME = C # # [9] LC_ADDRESS C = C LC_TELEPHONE = # # [11] LC_MEASUREMENT = en_US。utf - 8 LC_IDENTIFICATION = C附加基本包:# # # # # #[1]统计图形grDevices跑龙套数据集方法基础# # # #其他附加包:# # [1]BiocStyle_2.24.0 # # # #通过加载一个名称空间(而不是附加):# # [1]bookdown_0.26 digest_0.6.29 R6_2.5.1 # # [4] jsonlite_1.8.0 magrittr_2.0.3 evaluate_0.15 # # [7] stringi_1.7.6 rlang_1.0.2 cli_3.3.0 # # [10] jquerylib_0.1.4 bslib_0.3.1 rmarkdown_2.14 # # [13] tools_4.2.0 stringr_1.4.0 xfun_0.30 # # [16] yaml_2.3.5 fastmap_1.1.0 compiler_4.2.0 # # [19] BiocManager_1.30.17 htmltools_0.5.2 knitr_1.38 # # [22] sass_0.4.1