# #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::减价()选项(宽度= 80,max.print = 1000) knitr:: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。采用“KNITR_CACHE”,“真正的”)),tidy.opts = (width.cutoff = 80)列表,整理= TRUE) # # - - - - -设置,呼应= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressPackageStartupMessages({库(systemPipeR)}) # # - - - - - dir, eval = TRUE,呼应= FALSE,。宽度=“100%”,fig.align =“中心”,fig.cap =“* systemPipeR *预配置的目录结构。”- - - - - knitr:: include_graphics(系统。文件(“extdata /图片”、“spr_project。png”,包= " systemPipeR ")) # #——genRna_workflow_single, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(systemPipeRdata) # genWorkenvir(工作流=“rnaseq”) # setwd (rnaseq) # #——project_rnaseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - SPRproject() #萨尔< - importWF (sal, file_path = " systemPipeRNAseq。限制型心肌病”,verbose = FALSE) # #——run_rnaseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——runWF (sal) # #——plot_rnaseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotWF (sal) # #——report_rnaseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - renderReport (sal) # sal <——renderLogs (sal) # #——genChip_workflow eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(systemPipeRdata) # genWorkenvir(工作流=“chipseq”) # setwd (chipseq) # #——project_chipseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - SPRproject() #萨尔< - importWF (sal, file_path = " systemPipeChIPseq。限制型心肌病”,verbose = FALSE) # #——run_chipseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——runWF (sal) # #——plot_chipseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotWF (sal) # #——report_chipseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - renderReport (sal) # sal <——renderLogs (sal) # #——genVar_workflow_single eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(systemPipeRdata) # genWorkenvir(工作流=“varseq”) # setwd (varseq) # #——project_varseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - SPRproject() #萨尔< - importWF (sal, file_path = " systemPipeVARseq。限制型心肌病”,verbose = FALSE) # #——run_varseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——runWF (sal) # #——plot_varseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotWF (sal) # #——report_varseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - renderReport (sal) # sal <——renderLogs (sal) # #——genRibo_workflow_single eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(systemPipeRdata) # genWorkenvir(工作流=“riboseq”) # setwd (riboseq) # #——project_riboseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - SPRproject() #萨尔< - importWF (sal, file_path = " systemPipeRIBOseq。限制型心肌病”,verbose = FALSE) # #——run_riboseq, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal <——runWF (sal) # #——plot_riboseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # plotWF (sal) # #——report_riboseq eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # sal < - renderReport (sal) # sal < - renderLogs (sal) # #——sessionInfo - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()