格兰格Trnadbimport 1.14.0
trnadb和mttrnadb（Jühling等人，2009年）是tRNA序列和tRNA基因的汇编。这是Sprinzl等人数据库的后续版本。（Sprinzl和Vassilenko 2005）。
使用Trnadbimport可以按照网站上的概述访问trnadbhttp://trna.bioinf.uni-leipzig.de/结果将作为一个格兰格目的。
格兰格图书馆（Trnadbimport）＃从酵母中访问trnadb＃tRNA作为丙氨酸和苯丙氨酸gr <-import.trnadb（有机体=“ saccharomyces cerevisiae”，氨基酸氨基酸= C（“ phe”，“ ala”））＃从酵母gr <-import.trnadb.id（tdbid = gr [gr $ trna_type ==“ phe”，] [1l] $ trnadb_id）中获取苯丙氨酸tRNA＃通过Blast gr < - import.trnadb.blast（bastseq = gr $ trna_seq）找到相同的tRNA＃访问mtrnadb＃在Bos Taurus gr < - import.mttrnadb（有机体=“ Bos Taurus”，Aminoacids =“ Ala”）中获取丙氨酸的线粒体tRNA。＃在Bos Taurus中获取一个线粒体tRNA。gr < - import.mttrnadb.id（mtdbid = gr [1l] $ trnadb_id）＃检查结果是否具有适当的列Istrnadbgranges（GR）## [1]格兰格从RNA数据库TRNADB提供了两组不同的数据集，一组包含DNA序列和一个包含RNA序列。取决于选定的数据库，脱氧核糖核酸默认情况下，Granges将包含一个dnastringset或amodrnastringset作为tRNA_SEQ柱子。因为RNA序列可以包含修饰的核苷酸，所以modrnastringset使用类，而不是rnastringset类完整地存储序列，完整地存储序列。
gr < - import.trnadb（有机体=“ saccharomyces cerevisiae”，氨基酸= C（“ phe”，“ ala”），database =“ rna”）gr $ trna_seq## A ModRNAStringSet instance of length 3 ## width seq names ## [1] 76 GGGCGUGUKGCGUAGDCGGDAGC...TPCGAUUCCGGACUCGUCCACCA tdbR00000012 ## [2] 76 GCGGAUUUALCUCAGDDGGGAGA...TPCG"UCCACAGAAUUCGCACCA tdbR00000083 ## [3] 76 GCGGACUUALCUCAGDDGGGAGA...TPCG“ UCCACAGUUCGCACCA TDBR00000084序列中的特殊字符可能与网站上显示的特殊字符不完全匹配，因为它们在内部进行了卫生，以与在modstrings包裹。但是，编码的修改类型将保持不变（请参阅modstrings包装以获取更多详细信息）。
有关修改位置和类型的信息也可以使用该格式转换为表格格式分离来自modstrings包裹。
单独（gr $ trna_seq）## Granges对象，带有38个范围和1个元数据列：## seqnames ranges strand |mod ## |<角色> ## [1] TDBR00000012 9 + |M1G ## [2] TDBR00000012 16 + |D ## [3] TDBR00000012 20 + |D ## [4] TDBR00000012 26 + |M2,2G ## [5] TDBR00000012 34 + |我 ＃＃ ... ... ... ... 。... ## [34] TDBR00000084 46 + |M7G ## [35] TDBR00000084 49 + | f5Cm ## [36] tdbR00000084 54 + | m5U ## [37] tdbR00000084 55 + | Y ## [38] tdbR00000084 58 + | m1A ## ------- ## seqinfo: 3 sequences from an unspecified genome; no seqlengths 输出可以保存或直接用于进一步分析。
库（BioStrings）库（rtracklayer）＃将tran序列保存为fasta file writerxstringset（gr $ trna_seq，filepath = tempfile（））＃将trnadb信息转换为gff兼容gff gff gff <-trnadb2gff（gr）gff（gr）gff（gr）gff（gr）gff## Granges对象，带有3个范围和20个元数据列：## seqnames ranges strand |源类型分数阶段## | <因子> ## [1] TDBR00000012 1-76 * |trnadb trna ## [2] tdbr00000083 1-76 * |trnadb trna ## [3] tdbr00000084 1-76 * |trnadb trna ## id no trna_length tRNA_TYPE tRNA_ANTICODON ## ## [1] tdbr0000000012 1 76 Ala Igc ## [2] ala igc ## [2]phe #aa ## [3] tdbr00000084 3 76 phe＃aa ## trna_seq trna_str trna_cca.end trnadb ## <逻辑> <逻辑> ## [1] gggcgugukukgukgcguagcguagdcggd ..<.. <<<< <......... true rna ## [2] gcggauualcucagdggg .. <<<<<<<<<<## [3] gcggacuualcucucagdggg .. <<<<<<<<<<角色> ## [1] TDBR00000012 Saccharomyces Cerevi .. 4932 ## [2] Tdbr00000083 Saccharomyces Cerevi .. 4932 ## [3] TDBR00000084 Saccharomyces Cereverces Cereve cerevi> ## [1] true J.R. Penswick，R.Mart .. ## [2] true P.E.Nielsen，V.Leick .. ## [3] true G.Keith，G.Dirheimer ..--- ## seqinfo：来自u的3个序列NSPECIED基因组；没有seqlength ＃将信息保存为gff3文件export.gff3（gff，con = tempfile（））请看看tRNA包装以进一步分析tRNA序列。
SessionInfo（）## R版本4.2.0 RC（2022-04-19 R82224）##平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）＃## blas：/home/biocbuild/bbs-3.15-bioc/r/lib/libblas.so ## lapack：/home/biocbuild/bbs-3.15-bioc/rib/lib/libb/librlapack.so ### ## ## locale：## [1] lc_ctype = en_us.utf-8 lc_numeric = c ## [3] lc_time = en_gb lc_collate = c ## [5] lc_us.us.utf-8 lc_messages = en_us.utf-8 ## [7]lc_paper = en_us.utf-8 lc_name = c ## [9] lc_address = c lc_telephone = c ## [11] lc_measurement = en_us.utf-8 lc_istientification = c ## ## ## ## ##附件：统计图形grdevices utils数据集方法## [8]基础## ##其他附件：## [1] rtracklayer_1.56.0 trnadbimport_1.14.0 trna_1.1.14.0 ## [4][7] xvector_0.36.0 genomicranges_1.48.0 genomeInfodb_1.32.0 ## [10] iranges_2.30.0 s4Vectors_0.34.0 biocgenerics_0.42.0.42.0 ## [13] biocstyle_2.24.0 ## ## ## ## ## ##[[1] lattice_0.20-45 rsamtools_2.12.0 ## [3] assertthat_0.2.1 digest_0.6.6.29 ## [5] utf8_1.2.2 r6_2.2.2 r6_2.5.1 ## [7] evaliuate_0.0.153。5pillar_1.7.0 ## [11] zlibbioc_1.42.0 rlang_1.0.2 ## [13] curl_4.3.2 jquerylib_0.1.4 ## [15] Matrix_1.4-1 rmarkdown_2.14 ## [17] BiocParallel_1.30.0 stringr_1.4.0 ## [19] RCurl_1.98-1.6 munsell_0.5.0 ## [21] DelayedArray_0.22.0 compiler_4.2.0 ## [23] xfun_0.30 pkgconfig_2.0.3 ## [25] htmltools_0.5.2 SummarizedExperiment_1.26.0 ## [27] tidyselect_1.1.2 tibble_3.1.6 ## [29] GenomeInfoDbData_1.2.8 bookdown_0.26 ## [31] matrixStats_0.62.0 XML_3.99-0.9 ## [33] fansi_1.0.3 crayon_1.5.1 ## [35] dplyr_1.0.8 GenomicAlignments_1.32.0 ## [37] bitops_1.0-7 grid_4.2.0 ## [39] jsonlite_1.8.0 gtable_0.3.0 ## [41] lifecycle_1.0.1 DBI_1.1.2 ## [43] magrittr_2.0.3 scales_1.2.0 ## [45] cli_3.3.0 stringi_1.7.6 ## [47] xml2_1.3.3 bslib_0.3.1 ## [49] ellipsis_0.3.2 generics_0.1.2 ## [51] vctrs_0.4.1 rjson_0.2.21 ## [53] restfulr_0.0.13 tools_4.2.0 ## [55] Biobase_2.56.0 glue_1.6.2 ## [57] purrr_0.3.4 MatrixGenerics_1.8.0 ## [59] parallel_4.2.0 fastmap_1.1.0 ## [61] yaml_2.3.5 colorspace_2.0-3 ## [63] BiocManager_1.30.17 knitr_1.38 ## [65] sass_0.4.1 BiocIO_1.6.0Jühling，Frank，MarioMörl，Roland K. Hartmann，Mathias Sprinzl，Peter F. Stadler和JoernPütz。2009年。“ Trnadb 2009：tRNA序列和tRNA基因的汇编。”核酸研究37：D159 – D162。https://doi.org/10.1093/nar/gkn772。
Sprinzl，Mathias和Konstantin S. Vassilenko。2005。“ tRNA序列和tRNA基因序列的汇编”。核酸研究33：D139 – D140。https://doi.org/10.1093/nar/gki012。