# #——包括= FALSE --------------------------------------------------------- knitr: opts_chunk美元集(崩溃= TRUE,评论= " # > ",消息= FALSE,警告= FALSE ) ## ---- load_libraries ----------------------------------------------------------- # 负载要求库库(目标)库(GenomicRanges) # #——load_data ---------------------------------------------------------------- # 负荷高峰和记录数据的数据(“real_peaks”)(“real_transcripts数据 ") ## ---- associated_peaks --------------------------------------------------------- # 得到相关峰值美联社< - associated_peaks (real_peaks real_transcripts,“ID”)美联社# #——direct_tragets ----------------------------------------------------------- # 直接目标dt < - direct_targets (real_peaks real_transcripts,“ID”,“t”)dt # #——show_relation fig.align =‘中心’,fig.width = 7,无花果。身高= 3 ---------------- par (mfrow = c(1、3)#显示峰值距离vs得分图(美联社美元距离,美联社peak_score美元,pch = 19日cex = 5, xlab =“峰值距离”,ylab =“分数峰值”)abline (v = 0, lty = 2,坳=“灰色”)#显示基因统计vs得分图(dt stat美元,dt得分,美元pch = 19日cex = 5, xlim = c(-35年,35),xlab =基因t-stats, ylab =“基因分数”)abline (v = 0, lty = 2,坳=“灰色”)#显示基因调控潜力ecdf组< - c(‘下’,‘没有’,‘了’)颜色< - c(暗绿色,“灰色”,'darkred') fold_change <- cut(dt$logFC, breaks = c(min(dt$logFC)， -。5， .5, max(dt$logFC))， labels = groups) plot_predictions(dt$score_rank, fold_change, colors, groups, xlab = 'Gene Regulatory Potential Rank'， ylab = 'ECDF') ## ----test_groups-------------------------------------------------------------- #测试上调转录本不是随机test_prediction (dt$score_rank, group = fold_change, compare = c('Up'， 'None')， alternative = 'greater') #测试下调转录本不是随机test_prediction (dt$score_rank, group = fold_change，比较= c(‘下’,‘没有’),替代= '大 ') ## ---- top_gene_transcript ------------------------------------------------------ # 显示出最高监管记录,基因名称及其相关峰值top_trans < -独特(dt $ ID (dt等级= =美元min (dt美元排名)])top_trans独特(dt name2美元[dt $ ID = = top_trans])独特的美联社(ap $ peak_name [assigned_region = = top_trans美元 ]) ## ---- session_info ------------------------------------------------------------- sessionInfo ()