# # - - - - - eval = FALSE,回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“西瓜”)#库(西瓜)# #——回声= FALSE, eval = TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(西瓜)数据(甜瓜)# # - - - - - eval = FALSE,回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # install.packages (devtools) # devtools:: install_github (schalkwyk /西瓜)# # - - - - - qs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(甜瓜)暗(甜瓜)#质量过滤器使用默认阈值瓜。pf < - pfilter(甜瓜)# melon.dasen规范化使用一个可用的方法。pf < - dasen (melon.pf) #下游分析提取贝塔norm_betas < -贝塔(melon.dasen.pf) # #——阅读,eval = FALSE,回声= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # mlumi < - readEPIC(路径/ / idats) # #——outlyx - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -离群值< - outlyx(西瓜、情节= TRUE)打印(异常值)#删除离群值与甜瓜[,!离群值$了]# #——bscon - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -二元同步通信< - bscon(甜瓜)嘘(二元同步通信,xlab = c (0, 100)) # #——pfilter - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -西瓜。pf < - pfilter(甜瓜)# #——horv - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agep(西瓜、方法= '所有')agep(西瓜、方法=“霍”)# # - - - - -性- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - estimateSex(贝塔(甜瓜),do_plot = TRUE) # #——有条件现金援助,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # estimateCellCounts。西瓜(甜瓜,referencePlatform =“IlluminaHumanMethylation450k”) # estimateCellCounts。西瓜(甜瓜,referencePlatform =“IlluminaHumanMethylationEPIC”) # # #改变参考——规范- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - dasen。瓜< - dasen(甜瓜)#使用您想要使用哪个方法。# # - - - - -质量- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - das < - dasen瞿(甜瓜)< - 8(贝塔(甜瓜),贝塔(das))情节(曲[1],[2])# #——dmrse - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - dmrse_row (melon.pf) dmrse_row (melon.dasen.pf) #略好标准错误# #——都- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -都(melon.pf)都(melon.dasen.pf) # #——XCI - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - seabi(瓜。pf、性别= pData美元(melon.pf)性,X = fData (melon.pf)美元对应seabi (melon.dasen = =“X”)。pf、性别= pData美元(melon.dasen.pf)性,X = fData (melon.dasen.pf)美元= =“X”)从而向# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -选择< -贝塔(甜瓜)pwod_bet <——pwod(打赌)#统计分析使用pwod_bet # #——sessionInfo,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()