BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3.masked

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3.masked

苏斯scrofa全掩膜基因组序列(UCSC版本susScr3)

Bioconductor版本:发布(3.13)

苏斯scrofa(猪)全基因组序列由UCSC提供(susScr3, august 2011)，并存储在Biostrings对象中。序列与BSgenome.Sscrofa.UCSC相同。susScr3，除了每个上面有以下4个掩码:(1)组装间隙掩码(AGAPS掩码)，(2)内连续模糊掩码(AMB掩码)，(3)来自RepeatMasker的重复掩码(RM掩码)，(4)来自Tandem repeats Finder的重复掩码(TRF掩码)。缺省情况下，只有AGAPS和AMB掩码处于活动状态。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" bsgenome . sscrofa . ucsc . susscr3 .mask ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.3.99
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.31.11),BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3
进口	BSgenome，BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3
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包档案

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源包	BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3.masked_1.3.99.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3.masked/
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