多萝西娅

DOI：10.18129 / b9.bioc.dorothea

人和小鼠TF调节件的集合

Bioconductor版本：释放（3.13）

该包装含有人和小鼠TF调节件。从不同类型的证据中策划并收集人类调节，如文献治疗资源，芯片SEQ峰，TF结合位点基序和直接从基因表达推断的相互作用。通过将人类基因符号映射到小鼠中的原果树中来构建小鼠调节件。这些调节器可以与任何统计方法偶联，该方法旨在分析基因集团从基因表达数据中推断出TF活性。优选地，使用统计方法Viper。

作者：Christian H. Holland [Cre，Aut]，Luz Garcia-Alonso [Aut]，Alberto Valdeolivas [CTB]，Minoo Ashtiani [CTB]，Attila Gabor [CTB]

维护者：Christian H. Holland

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“dorothea”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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Browsevignettes（“Dorothea”）

HTML.	r script.	TF活性推断从Dorothea与Dorothea作为康宁资源的批量转录组数据。
HTML.	r script.	与Dorothea的SCRNA-SEQ数据的TF活动推断为Charmon资源。
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.4.0.
执照	gpl-3 +文件执照
依靠	r（> = 4.0）
进口	dplyr.那Magrittr.那Bcellviper.那毒蛇
链接到
建议	BioBase.那生物焦那kn那Pheatmap.那PKGDOWN.那RAMAMAMDOW.那Seurat.那SinglecellexPeriment.那概括分析那testthat.（> = 2.1.0），娇媚那Tidyr.，实用程序
系统要求
加强
URL.	https://saezlab.github.io/dorothea/https://github.com/saezlab/dorothea
Bugreports.	https://github.com/saezlab/dorothea/issues.
取决于我
进口我	cosmosr.
建议我	methreg.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	dorothea_1.4.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/dorothea
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/多罗索
包短网址	https://biocumon.org/packages/dorothea/
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