# #——回声= FALSE ------------------------------------------------------------ knitr: opts_chunk美元集(崩溃= TRUE,发表评论 ='#>') ## ---- read_tcga、消息= F警告= F ------------------------------------------ 库(minfi)图书馆(conumee)图书馆(minfiData)数据(RGsetEx) sampleNames (RGsetEx) < - pData (RGsetEx)美元Sample_Name癌症< - pData (RGsetEx)美元地位= =“癌症”RGsetEx < - RGsetEx(癌症)RGsetEx # #——normalize_tcga ----------------------------------------------------------- MsetEx < - preprocessIllumina (RGsetEx) MsetEx prepare_controls # #,消息= F ---------------------------------------------- 库(CopyNeutralIMA) ima < -注释(MsetEx)[[“数组”]]RGsetCtrl < - getCopyNeutralRGSet (ima) #预处理与样本数据MsetCtrl < - preprocessIllumina (RGsetCtrl) MsetCtrl # #——conumee ------------------------------------------------------------------ # 使用conumee提供的信息创建注释文件或定义#包指令数据显示(exclude_regions)数据(detail_regions)伊斯兰教纪元< -CNV。Create_anno (array_type = "450k"， exclude_regions = exclude_regions, detail_regions = detail_regions) #加载参考数据和待分析样本控件中的数据。data <- cnv .load(MsetCtrl) ex.data <- cnv .load(MsetEx) cnv <- cnv .fit(ex. ctrl)数据(“GroupB_1”),控制。data, anno) cnv <- cnv .bin(cnv) cnv <- cnv .detail(cnv) cnv <- cnv .segment(cnv) cnv cnv .genomeplot(cnv) cnv .bin(cnv) cnv .bin(cnv) cnv。基因组图(cnv, chr = 'chr18')write(cnv, what = 'segments'))写(cnv, = '探测 ')) ## ---- session_info回声= F --------------------------------------------------- sessionInfo ()