# #——回声= TRUE, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -要求(rJava) #初始化JVM .jinit添加jar文件的路径()# jarfilePath < file.path(系统。文件(“extdata”、“java”,“conceptmapper-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies。jar”,包= ' OnassisJavaLibs ')) .jaddClassPath (jarfilePath) #创建一个实例的OntologyUtil鄂博文件示例ontoutil < - .jnew (“edu.ucdenver.ccp.datasource.fileparsers.obo。OntologyUtil”, .jnew (java / io /文件,file.path(系统。文件(“extdata”、“sample.cs。鄂博”,包= ' OnassisJavaLibs ')))) #创建的输出文件包含conceptmapper字典outputFile = .jnew (“java / io /文件”,“dict.xml”) #从鄂博本体构建的字典词典< - J (edu.ucdenver.ccp.nlp.wrapper.conceptmapper.dictionary.obo.OboToDictionary) buildDictionary美元(outputFile、ontoutil .jnull (), J (“edu.ucdenver.ccp.datasource.fileparsers.obo.OntologyUtil”) SynonymType确切美元)# #——回声= TRUE, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #添加包含相似的相似库类计算语义相似性jarfilePath < - file.path(系统。文件(“extdata”、“java”,“similarity-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies。jar”,包= ' OnassisJavaLibs ')) .jaddClassPath (jarfilePath) #创建类的实例相似度相似性< - .jnew (“iit / comp / epigen nlp /相似/相似”)#加载grah结构本体file_obo < file.path(系统。文件(“extdata”、“sample.cs。鄂博”,包= ' OnassisJavaLibs ')) ontology_graph < -相似性loadOntology美元(file_obo) #设置语义相似性度量measure_configuration < -相似性setPairwiseConfig美元(“蕾斯尼克”、“瑞士”)#的本体需要转化成uri term1 < -“http://purl.obolibrary.org/obo/CL_0000771”term2 < -“http://purl.obolibrary.org/obo/CL_0000988”URI1 < .jcast(相似性美元createURI (term1),新的。类= " org.openrdf.model。URI”,检查= FALSE,转换。数组= FALSE) URI2 < .jcast(相似性美元createURI (term2),新的。类= " org.openrdf.model。URI”,检查= FALSE,转换。阵列= FALSE) #计算语义相似度得分similarity_score < .jcall(相似,“D”、“pair_similarity”URI1, URI2, .jcast (ontology_graph,新。类= " slib.graph.model.graph.G”), similarity_score measure_configuration)