1概述

的SCATEData是一个广泛的数据资源包含基因组区域垃圾箱的位置,标准化的批量DNase-seq信号的平均值和标准偏差在编码样本,和基因组垃圾箱的集群基于批量DNase-seq信号。这些数据被格式化GenomicRanges和托管在Bioconductor Bioconductor对象ExperimentHub平台。

SCATEData提供数据资源包SCATE提取和提高稀疏和离散单细胞ATAC-seq信号。

更多细节,请参阅我们的论文描述了SCATE包:

• 霁至诚、周、Wenpin侯Hongkai霁,与SCATE单细胞ATAC-seq信号提取和增强161年,基因组医学杂志21日(2020年)。

2数据集

包包含以下数据集,可以使用SCATE提取和提高稀疏单细胞ATAC-seq信号。他们分成数据集用于(i)运行SCATE,(2)提供例子。

• 装入的SCATE:
  • hg19.rds
  • mm10.rds
• scATAC-seq示例文件:
  • GSM1596831.bam
    
  • GSM1596940.bam
    
  • GSM1597041.bam
    
  • SRR1779856.bam
    
  • SRR1779973.bam
    
  • GSM1596840.bam
    
  • GSM1596942.bam
    
  • GSM1597096.bam
    
  • SRR1779874.bam
    
  • SRR1780018.bam
  • GSM1596874.bam
    
  • GSM1596944.bam
    
  • SRR1779746.bam
    
  • SRR1779956.bam
    
  • SRR1780020.bam
  • GSM1596881.bam
    
  • GSM1596961.bam
    
  • SRR1779805.bam
    
  • SRR1779959.bam
    
  • SRR1780054.bam
  • GSM1596831.bam.bai
    
  • GSM1596940.bam.bai
    
  • GSM1597041.bam.bai
    
  • SRR1779856.bam.bai
    
  • SRR1779973.bam.bai
    
  • GSM1596840.bam.bai
    
  • GSM1596942.bam.bai
    
  • GSM1597096.bam.bai
    
  • SRR1779874.bam.bai
    
  • SRR1780018.bam.bai
  • GSM1596874.bam.bai
    
  • GSM1596944.bam.bai
    
  • SRR1779746.bam.bai
    
  • SRR1779956.bam.bai
    
  • SRR1780020.bam.bai
  • GSM1596881.bam.bai
    
  • GSM1596961.bam.bai
    
  • SRR1779805.bam.bai
    
  • SRR1779959.bam.bai
    
  • SRR1780054.bam.bai

这些本演讲文件是单细胞ATAC-seq读取和相应的.bam.bai为索引和搜索文件的读取这些文件。更广泛的文档,请参阅或帮助文件的元数据对象。

3如何加载数据

请参考SCATE教程数据的加载和使用。

4引用

如果SCATEData包是有用的在你的工作,请引用以下:- Ji至诚、周,Wenpin侯,Hongkai霁,与SCATE单细胞ATAC-seq信号提取和增强161年,基因组医学杂志21日(2020年)。