0．1简介

的bodymapRat包包含来自大鼠转录组体图综合研究的652个RNA-Seq样本的基因表达数据。这些示例包括FASTQ文件头中提供的序列标识符信息，这些标识符可以用作批处理的代理。这些样品没有经过标准化或预处理。

数据提供在SummarizedExperiment．表型信息可以使用colData ()功能及表型数据描述如下表所示:

数据访问方式如下:

库(SummarizedExperiment)库(bodymapRat)

我们使用bodymapRat ()函数来下载相关文件Bioconductor的ExperimentHub网络资源。运行此函数将下载一个SummarizedExperiment对象，其中包含读取计数以及行(基因)和列(单元格)上的元数据。

bm_rat <- bodymapRat() #获取表达数据counts = assay(bm_rat) dim(counts)

## [1] 32637 652

计数(1:5,1:5)

## srr1169893 srr1169894 srr1169895 srr1169896 srr1169897 ## ensrnog00000000001 10 01 4 ## ensrnog00000000007 11 0 3 0 ## ensrnog00000000008 7 4 2 3 7 ## ensrnog00000000009 000000000

#按列头获取元数据(colData(bm_rat))

## SRR1169893 SRX471368 SRR1169893 Adr_F_002_1 GSM1328469 SRS558114 ## SRR1169894 SRX471368 SRR1169894 adr1169894 Adr_F_002_1 GSM1328469 SRS558114 ## SRR1169895 SRX471369 SRR1169895 adr1169895 adr1169895 adr1169895 adrf_002_2 GSM1328470 SRS558115 ## SRR1169897 SRX471370 SRR1169897 Adr_F_002_3 GSM1328470 SRS558115 ## SRR1169897 SRX471370 SRR1169897 Adr_F_002_3 srsm1328471 SRS558116 ##SRR1169898 SRX471370 SRR1169898 Adr_F_002_3 GSM1328471 srr558116生物样本avgLength器官性别阶段techRep ## <因子> <整数> <字符> <字符> <字符> <数字> <整数> ## SRR1169894 SAMN02642886 50 Adrenal F 2 1 ## SRR1169894 SAMN02642886 50 Adrenal F 2 1 ## SRR1169896 SAMN02642867 50 Adrenal F 2 1 ## SRR1169896 SAMN02642867 50 Adrenal F 2 1 ## SRR1169898 SAMN02642894 50 Adrenal F 2 2 ## SRR1169898 SAMN02642894 50 Adrenal F 2 1 ## SRR1169898 SAMN02642894 50 Adrenal F 2 2 ## SRR1169898 SAMN02642894 50 Adrenal F 2 2 ## SRR1169898 SAMN02642894 50 Adrenal F 2 2 ## SRR1169898 SAMN02642894<字符> <字符> <字符> <字符> ## SRR1169893棕色M1 9.3 11 HWI-ST845 ## SRR1169895棕色M1 9.1 5 HWI-ST845 ## SRR1169896棕色M1 9.1 5 HWI-ST845 ## SRR1169897棕色M1 9.5 3 HWI-ST1131 ## SRR1169898棕色M1 9.5 3 HWI-ST1195 ## runID fcID fcLane tile xtile ## <字符> <字符> <字符> <字符> <字符> ## SRR1169893 120326 D0VTJACXX 2 1101 1506 ## SRR1169894 120525 D10G7ACXX 2 1101 1394 ## SRR1169895 120326 D0VTJACXX 51101 1170 ## SRR1169897 120424 C0P4UACXX 4 1101 1675 ## SRR1169898 120525 C0TDUACXX 4 1101 1138 ## ytile ## <字符> ## SRR1169893 2000 ## SRR1169894 2133 ## SRR1169895 2029 ## SRR1169896 2126 ## SRR1169897 2216 ## SRR1169898 2067

此包中的数据仅作为示例数据集qsmoothBioconductor包．

1参考文献

1. Yu等人(2013)。跨11个器官和4个发育阶段的大鼠RNA-Seq转录组体图。自然通讯5: 3230。PMID: 24510058。PMCID: PMC3926002。

2SessionInfo

sessionInfo ()

## R版本4.2.0 RC (2022-04-19 r82224) ##平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)##运行在Ubuntu 20.04.4 LTS ## ##矩阵产品:默认## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.15-bioc/R/lib/libRblas。/home/biocbuild/bbs-3.15-bioc/R/lib/libRlapack。所以## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC= c# # [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE= c# # [5] LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US。UTF-8 LC_NAME= c# # [9] LC_ADDRESS=C lc_phone = c# # [11] LC_MEASUREMENT=en_US。UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ##附加的基本包:## [1]stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods ##[8]基础## ##其他附加包:[7] Biobase_2.56.0 GenomicRanges_1.48.0 ## [9] GenomeInfoDb_1.32.0 IRanges_2.30.0 ## [11] S4Vectors_0.34.0 BiocGenerics_0.42.0 ## [13] MatrixGenerics_1.8.0 matrixStats_0.62.0 ## [15] knitr_1.39 BiocStyle_2.24.0 ## ##通过命名空间加载(并且没有附加):# # # # [1] httr_1.4.2 sass_0.4.1 [3] bit64_4.0.5 jsonlite_1.8.0 # # [5] bslib_0.3.1 shiny_1.7.1 # # [7] assertthat_0.2.1 interactiveDisplayBase_1.34.0 # # [9] BiocManager_1.30.17 blob_1.2.3 # # [11] GenomeInfoDbData_1.2.8 yaml_2.3.5 # # [13] BiocVersion_3.15.2 pillar_1.7.0 # # [15] RSQLite_2.2.12 lattice_0.20-45 # # [17] glue_1.6.2 digest_0.6.29 # # [19] promises_1.2.0.1 XVector_0.36.0 # # [21] htmltools_0.5.2 httpuv_1.6.5 # # [23] Matrix_1.4-1 pkgconfig_2.0.3 # # [25] bookdown_0.26 zlibbioc_1.42.0 # # [27][39] mime_0.12 memoise_2.0.1 # [41] evaluate_0.15 fansi_1.0.3 # [43] tools_4.2.0 lifecycle_1.0.1 # [45] string_1 .4.0 DelayedArray_0.22.0 # [47] AnnotationDbi_1.58.0 Biostrings_2.64.0 # [49] compiler_4.2.0 jquerylib_0.1.4 # [51] rlang_1.0.2 grid_4.2.0 # [53] RCurl_1.98-1.6 rappdirs_0.3.3 ## #[55] bitops_1.0-7 rmarkdown_2.14 ## [57] DBI_1.1.2 curl_4.3.2 ## [59] R6_2.5.1 dplyr_1.0.8 ## [61] fastmap_1.1.0 bit_4.0.4 ## [63] utf8_1.2.2 filelock_1.0.2 ## [65] stringi_1.7.6 Rcpp_1.0.8.3 ## [67] vctrs_0.4.1 png_0.1-7 ## [69] tidyselect_1.1.2 xfun_0.30