### R代码从vignette源'短。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:do1 ################################################### psurv = function (x,位数= max(选项()数字- 4美元,3 ), ...) { saveopt < -选项(数字=数字)on.exit(选项(saveopt))如果(!inherits(x， "survdiff")) stop("对象不是survdiff的结果")if (!Null (cl <- x$call)){}省略<- x$na。行动如果(长度(省略)){}(长度(x $ n) = = 1) {z < -标志(x exp - x光突发美元)* sqrt (x chisq美元)临时< - c (x光突发美元,美元exp, z, signif (1 - pchisq (x chisq美元,1),位数))的名字(临时)< - c(“观察”,“预期”,“z”,“p”)其他打印(临时)}{如果(is.matrix (x光突发美元)){otmp < -应用(x光突发美元,1,金额)etmp < -应用(x exp美元,1,总和)其他}{otmp <奥林匹克广播服务公司etmp < - x - x $ $ exp} df < -(和(1 * (etmp > 0))) - 1温度< cbind (x $ n, otmp etmp, ((otmp - etmp) ^ 2) / etmp,((otmp - etmp)^2)/diag(x$var)) dimnames(temp) <- list(names(x$n)， c(" n "， "Observed"， "Expected"， "(O-E)^2/E"， "(O-E)^2/V")) uu <- 1 - pchisq(x$chisq, df)} uu} library(dressCheck) library(chron) library(survival) data(DrAsGiven) data(corrp116) an = as。numeric pdf(file="twox3.pdf"， width=8, height=5) par(mfrow=c(2,3)) plot(an(exprs(corrp116["213350_at"，]))~chron(corrp116$rundate)， main="(a)"， xlab="数组运行日期"，ylab=" RPS11的RMA+SFR表达式")CC = cut(chron(corrp116)，2) with(pData(corrp116)， d0 <<- survdiff(Surv(Survival, dead)~CC，子集=CR==0)) with(pData(corrp116)， plot(survfit(Surv(Survival, dead)~CC，子集=CR==0)，col=c("red"， "green")， lwd=3, xlab="Months"， ylab=" Survival (%)"， main="(b)")) text(37，。03,粘贴(“logrank p =”轮(psurv (d0), 3))) #投入= DrAsGiven[相交(featureNames (DrAsGiven)、名称(srcWts)),] # srcWtsL = srcWts [featureNames(投入)】#上海合作组织= t (exprs(投入))% * % srcWtsL # sdy = 1 *(上海合作组织>(上海合作组织)中位数)# (pData (DrAsGiven),情节(survfit (Surv(生存,X0……活着……1…死)~ sdy, #子集= response.0.NR . . 1. cr = = 0),坳= c(“蓝色”、“黄色”)、lwd = 3, # xlab =“月”,ylab =“生存(%)”,主要= (b)))与(# pData (DrAsGiven), d1 < < survdiff (Surv(生存,X0……活着……1…死)~ sdy,#子集=response.0.NR.. cr ==0))05年,粘贴(“logrank p =”轮(psurv (d1), 3)))数据(srcWts) #得分系数,然后限制表达数据= #通路中的基因签名corr corrp116[相交(featureNames (corrp116),姓名(srcWts)),] srcWtsL = srcWts [featureNames (corr)] #得分肿瘤组织= t (exprs (corr)) % * % srcWtsL sdy = 1 * (sco >中值(上海合作组织))#二分(pData (corrp116),情节(survfit (Surv(生存、死亡)~ sdy,子集= CR = = 0),坳= c(“蓝色”、“黄色”),lwd = 3, xlab =“月”,ylab =“生存(%)”,main="(c)")) with(pData(corrp116)， d2 <<- survdiff(Surv(Survival, dead)~sdys，子集=CR==0)) text(37，。05，粘贴("logrank p="， round(psurv(d2)，3))) data(e2f3Wts) corr = corrp116[intersect(featureNames(corrp116)， names(e2f3Wts))，] eWtsL = e2f3Wts[featureNames(corr)] sco = t(exprs(corr))%*%eWtsL edys = 1*(sco