1安装

安装来自Bioconductor的最新稳定版本：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“纳米管”）

和加载纳米管：

图书馆（纳米管）

另外，您可以使用GitHub直接安装开发版本DevTools：

DevTools :: install_github（“ Maltethodberg/纳米管”）

2引用

如果您使用纳米管，请引用以下文章：

引用（“纳米管”）

## ##引用出版物中的“纳米管”的使用：## ## ## bornholdt et al。识别基因转录起始站点和##增强剂在体内响应肺碳纳米管暴露，## acs nano（2017）## ## ## bibtex for latex用户是## ## ## ## @article {，## @article {，## title = {{{识别基因转录起始站点和增强剂，以应对体内肺碳纳米管暴露}，##作者= {SøsPoulsen和Trine Berthing和Simon Bressendorff和Kristoffer Vitting-Seerup以及Robin Andersson以及KarinSørigHougaard和Carole L. Yauk和Sabina Halappanavar和Sabina Halappanavar和HåkanWallin和HåkanWallin和Ulla Vogel和Ulla Vogel和Ulla Vogel和Albin Sandelin}= {acs nano}，## doi = {10.1021/acsnano.6b07533}，## volume = {11}，## number = {4}，## pages = {3597-3613}

3得到帮助

有关使用纳米管的一般性问题，请使用官方生物导体支持论坛并标记您的问题“纳米管”。我们努力尽快回答问题。

有关技术问题，错误报告和新功能的建议，我们参考纳米管GitHub页面

4数据说明

CAGE转录起始位点（CTSS），从原始研究的作者获得了每个基因组位置数据5'-End映射的笼子标签的数量。研究中使用的剩余数据可以从中下载GSE70386。

不包括一个技术复制。

5访问研究设计和大wig档

将数据加载到R中，以获取随附的样本的概述：

data（“纳米管”）knitr :: kable（纳米管）

使用该数据从大wig文件加载到R中rtracklayer包裹：

库（rtracklayer）bw_fname <-system.file（“ extdata”，纳米管$ bigwigplus [1]，package =“ nanotubes”，usework = true）import（bw_fname）

## Granges对象，带有1055261范围和1个元数据列：## seqnames ranges strand |得分##    |<数字> ## [1] CHR1 3297935 * |1 ## [2] CHR1 3405982 * |1 ## [3] CHR1 3575580 * |1 ## [4] CHR1 3612051 * |1 ## [5] CHR1 3638567 * |2 ## ... ... ... ...。... ## [1055257] Chry_random 52340197 * |1 ## [1055258] CHRY_RANDOM 55206004 * | 1 ## [1055259] chrY_random 55312786 * | 1 ## [1055260] chrY_random 56729517 * | 1 ## [1055261] chrY_random 56966442 * | 1 ## ------- ## seqinfo: 29 sequences from an unspecified genome

6进口到CageFightr

包含在软件包中的数据已正确格式化，以进行分析Cagefightr包裹：

库（cagefightr）＃设置路径bw_plus <-system.file（“ extdata”，纳米管$ bigwigplus，package =“ nanotubes”，usework = true）bw_minus <-system.file（“纳米管", mustWork = TRUE) # Save as named BigWigFileList bw_plus <- BigWigFileList(bw_plus) bw_minus <- BigWigFileList(bw_minus) names(bw_plus) <- names(bw_minus) <- nanotubes$Name # Quantify CTSSs <- quantifyCTSSs(bw_plus, bw_minus, design=nanotubes)

看到Cagefightr小插图更多细节。

7会话信息

SessionInfo（）

## R版本4.2.0 RC（2022-04-19 R82224）##平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）＃## blas：/home/biocbuild/bbs-3.15-bioc/r/lib/libblas.so ## lapack：/home/biocbuild/bbs-3.15-bioc/rib/lib/libb/librlapack.so ### ## ## locale：## [1] lc_ctype = en_us.utf-8 lc_numeric = c ## [3] lc_time = en_gb lc_collat​​e = c ## [5] lc_us.us.utf-8 lc_messages = en_us.utf-8 ## [7]lc_paper = en_us.utf-8 lc_name = c ## [9] lc_address = c lc_telephone = c ## [11] lc_measurement = en_us.utf-8 lc_istientification = c ## ## ## ## ##附件：Stats图形GRDEVICES UTILS方法## [8]基础## ##其他附件：## [1] rtracklayer_1.56.0 genomicranges_1.48.0 genomeInfodb_1.1.32.0 ## [4][7] Nanotubes_1.12.0 BiocStyle_2.24.0 ## ## ##通过名称空间加载（并且未连接）：## [1] BSLIB_0.3.1 Compiler_4.2.0 ## [3] Biocmanager_1.30.30.30.17 Restful_0.0.0.13 ## [5] [5]jquerylib_0.1.4 HighR_0。9 ## [7] XVector_0.36.0 MatrixGenerics_1.8.0 ## [9] bitops_1.0-7 tools_4.2.0 ## [11] zlibbioc_1.42.0 digest_0.6.29 ## [13] lattice_0.20-45 jsonlite_1.8.0 ## [15] evaluate_0.15 rlang_1.0.2 ## [17] Matrix_1.4-1 DelayedArray_0.22.0 ## [19] cli_3.3.0 parallel_4.2.0 ## [21] yaml_2.3.5 xfun_0.30 ## [23] fastmap_1.1.0 GenomeInfoDbData_1.2.8 ## [25] stringr_1.4.0 knitr_1.39 ## [27] Biostrings_2.64.0 sass_0.4.1 ## [29] grid_4.2.0 Biobase_2.56.0 ## [31] R6_2.5.1 BiocParallel_1.30.0 ## [33] XML_3.99-0.9 rmarkdown_2.14 ## [35] bookdown_0.26 magrittr_2.0.3 ## [37] matrixStats_0.62.0 GenomicAlignments_1.32.0 ## [39] Rsamtools_2.12.0 htmltools_0.5.2 ## [41] SummarizedExperiment_1.26.0 stringi_1.7.6 ## [43] RCurl_1.98-1.6 crayon_1.5.1 ## [45] rjson_0.2.21 BiocIO_1.6.0